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- PDB-6kma: Crystal structure of SucA with glycolaldehyde-1-13C from Vibrio v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kma
タイトルCrystal structure of SucA with glycolaldehyde-1-13C from Vibrio vulnificus
要素Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component
キーワードOXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding / tricarboxylic acid cycle / glycolytic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain ...2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
2-oxidanylethanal / THIAMINE DIPHOSPHATE / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.282 Å
データ登録者Seo, P.W. / Kim, J.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea) 韓国
引用ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2020
タイトル: Understanding the molecular properties of the E1 subunit (SucA) of alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex from Vibrio vulnificus for the enantioselective ligation of acetaldehydes into (R)-acetoin.
著者: Seo, P.W. / Jo, H.J. / Hwang, I.Y. / Jeong, H.Y. / Kim, J.H. / Kim, J.W. / Lee, E.Y. / Park, J.B. / Kim, J.S.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component
B: Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component
C: Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component
D: Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)401,55226
ポリマ－398,0644
非ポリマー3,48822
水22,3931243
1
A: Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component
B: Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,77613
ポリマ－199,0322
非ポリマー1,74411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14260 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area54680 Å2
手法PISA
2
C: Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component
D: Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,77613
ポリマ－199,0322
非ポリマー1,74411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13970 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area54810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.820, 84.559, 145.218
Angle α, β, γ (deg.)79.510, 88.470, 89.920
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 87 through 288 or resid 294 through 935))
21(chain B and (resid 87 through 288 or resid 294 through 935))
31(chain C and (resid 87 through 288 or resid 294 through 935))
41chain D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLYSLYS(chain A and (resid 87 through 288 or resid 294 through 935))AA87 - 28832 - 233
12GLYGLYVALVAL(chain A and (resid 87 through 288 or resid 294 through 935))AA294 - 935239 - 880
21ASPASPLYSLYS(chain B and (resid 87 through 288 or resid 294 through 935))BB87 - 28832 - 233
22GLYGLYVALVAL(chain B and (resid 87 through 288 or resid 294 through 935))BB294 - 935239 - 880
31ASPASPLYSLYS(chain C and (resid 87 through 288 or resid 294 through 935))CC87 - 28832 - 233
32GLYGLYVALVAL(chain C and (resid 87 through 288 or resid 294 through 935))CC294 - 935239 - 880
41ASPASPDW3DW3chain DDD - V87 - 100132

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Oxoglutarate dehydrogenase (Succinyl-transferring), E1 component


分子量: 99516.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (strain CMCP6) (バクテリア)
株: CMCP6 / 遺伝子: sucA, VV1_0157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A3Q0L1E1, oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring)

-
非ポリマー , 6種, 1265分子

#2: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE


分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-DW3 / 2-oxidanylethanal


分子量: 60.052 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 220 mM calcium acetate, 100mM 2-(Bis(2-hydroxyethyl)amino)acetic acid (BICINE), 50% (v/v) PEG300, 0.1 mM ThDP, 0.1 mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 148472 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rpim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Num. unique obs: 7303 / Rpim(I) all: 0.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JGD

2jgd


解像度: 2.282→47.648 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 5900 3.98 %
Rwork0.1997 --
obs0.2009 148359 90.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.81 Å2 / Biso mean: 37.1688 Å2 / Biso min: 16.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.282→47.648 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26464 0 218 1243 27925
Biso mean--41.05 36.86 -
残基数----3351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00227268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57536920
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433945
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.51916356
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A16422X-RAY DIFFRACTION10.234TORSIONAL
12B16422X-RAY DIFFRACTION10.234TORSIONAL
13C16422X-RAY DIFFRACTION10.234TORSIONAL
14D16422X-RAY DIFFRACTION10.234TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.282-2.3080.34361500.313377773
2.308-2.33510.32071980.2994478790
2.3351-2.36360.30882170.2767471892
2.3636-2.39350.28751810.2725477691
2.3935-2.4250.2912000.2617477691
2.425-2.45820.28012050.2594470491
2.4582-2.49330.31191900.2478476890
2.4933-2.53060.31651800.2471455488
2.5306-2.57010.28292020.2453440484
2.5701-2.61220.24832030.2338493795
2.6122-2.65730.28391870.2412505795
2.6573-2.70560.25992080.2411485194
2.7056-2.75760.24522060.2281489994
2.7576-2.81390.27462090.2247488193
2.8139-2.87510.29722040.2238480993
2.8751-2.9420.24272060.2151484392
2.942-3.01550.23831980.2087481191
3.0155-3.0970.22161760.2034454087
3.097-3.18810.24221930.2023455087
3.1881-3.2910.23281910.201491294
3.291-3.40860.22562020.1944493294
3.4086-3.54510.20352200.1865487093
3.5451-3.70630.19191990.1712490994
3.7063-3.90170.18482020.166473691
3.9017-4.1460.20441830.1651444485
4.146-4.46590.18511960.1532501996
4.4659-4.91490.17852120.153494995
4.9149-5.62510.22651930.1717484392
5.6251-7.08330.21141910.1956463989
7.0833-47.6480.20931980.1894476491
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.7674 Å / Origin y: -28.0011 Å / Origin z: 71.6257 Å
111213212223313233
T0.167 Å2-0.0036 Å20.0256 Å2-0.1299 Å2-0.0119 Å2--0.1874 Å2
L0.2086 °2-0.0207 °20.0781 °2-0.0968 °2-0.0259 °2--0.1862 °2
S-0.023 Å °-0.0068 Å °-0.0115 Å °0.0062 Å °0.0268 Å °-0.0025 Å °-0.0136 Å °-0.0104 Å °-0.0023 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA86 - 1001
2X-RAY DIFFRACTION1allA1002 - 1003
3X-RAY DIFFRACTION1allB87 - 1001
4X-RAY DIFFRACTION1allB1002 - 1003
5X-RAY DIFFRACTION1allC86 - 1001
6X-RAY DIFFRACTION1allC1002 - 1003
7X-RAY DIFFRACTION1allD87 - 1001
8X-RAY DIFFRACTION1allD1002 - 1003
9X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 1243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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