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万見
- PDB-6klv: Hyperthermophilic respiratory Complex III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6klv
タイトルHyperthermophilic respiratory Complex III
要素
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c
  • Rieske-I iron sulfur protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Respiratory chain / Complex III / Hyperthermophilic mechanism / antimycin A
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal ...Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ANTIMYCIN / Chem-DLX / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-PGV / Cytochrome c / Cytochrome b / Rieske-I iron sulfur protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Fei, S. / Hartmut, M. / Yun, Z. / Guohong, P. / Guoliang, Z. / Hui, Z. / Shuangbo, Z. / Xiaoyun, P. / Yan, Z.
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2020
タイトル: A 3.3 Å-Resolution Structure of Hyperthermophilic Respiratory Complex III Reveals the Mechanism of Its Thermal Stability.
著者: Guoliang Zhu / Hui Zeng / Shuangbo Zhang / Jana Juli / Xiaoyun Pang / Jan Hoffmann / Yan Zhang / Nina Morgner / Yun Zhu / Guohong Peng / Hartmut Michel / Fei Sun /
要旨: Respiratory chain complexes convert energy by coupling electron flow to transmembrane proton translocation. Owing to a lack of atomic structures of cytochrome bc complex (Complex III) from ...Respiratory chain complexes convert energy by coupling electron flow to transmembrane proton translocation. Owing to a lack of atomic structures of cytochrome bc complex (Complex III) from thermophilic bacteria, little is known about the adaptations of this macromolecular machine to hyperthermophilic environments. In this study, we purified the cytochrome bc complex of Aquifex aeolicus, one of the most extreme thermophilic bacteria known, and determined its structure with and without an inhibitor at 3.3 Å resolution. Several residues unique for thermophilic bacteria were detected that provide additional stabilization for the structure. An extra transmembrane helix at the N-terminus of cyt. c was found to greatly enhance the interaction between cyt. b and cyt. c , and to bind a phospholipid molecule to stabilize the complex in the membrane. These results provide the structural basis for the hyperstability of the cytochrome bc complex in an extreme thermal environment.
履歴
登録2019年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年4月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_software ...atom_site / em_software / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_software.category / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0719
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rieske-I iron sulfur protein
B: Cytochrome b
C: Cytochrome c
D: Rieske-I iron sulfur protein
E: Cytochrome b
F: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,23823
ポリマ－188,3116
非ポリマー9,92717
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area38760 Å2
ΔGint-389 kcal/mol
Surface area64380 Å2

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Rieske-I iron sulfur protein


分子量: 19429.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 参照: UniProt: O66460
#2: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 47045.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 参照: UniProt: O66459*PLUS
#3: タンパク質 Cytochrome c


分子量: 27680.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 参照: UniProt: O66458

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非ポリマー , 6種, 17分子

#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 化合物
ChemComp-DLX / 2-[(2~{E},6~{E},10~{Z},14~{Z},18~{Z},23~{R})-3,7,11,15,19,23,27-heptamethyloctacosa-2,6,10,14,18-pentaenyl]naphthalene-1,4-dione


分子量: 639.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H66O2
#6: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#7: 化合物 ChemComp-AMY / ANTIMYCIN


分子量: 534.599 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H38N2O9
#8: 化合物 ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#9: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The cytochrome bc1 complex (respiratory complex III)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81350 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00913446
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.89518326
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.7727619
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0561932
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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