PDB-6kkw: Crystal structure of the complex of phosphopantetheine adenylyl t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kkw

タイトル

Crystal structure of the complex of phosphopantetheine adenylyl transferase from Acinetobacter baumannii with Dephospho Coenzyme at 3.2 A resolution.

要素

Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.202 Å

データ登録者

Viswanathan, V. / Gupta, A. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of phosphopantetheine adenylyl transferase from Acinetobacter baumannii with Dephospho Coenzyme at 3.2 A resolution.
著者: Viswanathan, V. / Gupta, A. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2019年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kkw.cif.gz	51.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kkw.ent.gz	35.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kkw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kkw_validation.pdf.gz	965.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kkw_full_validation.pdf.gz	969.2 KB	表示
XML形式データ	6kkw_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	6kkw_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/6kkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/6kkw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jogS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zzc-d 2bz1-d 6kyg-d 6a6d-d 4f1l-2 3txt-d 6a75-d 6vj9-d 6a7d-d 6pjp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	215.539, 215.539, 215.539
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	210
Space group name H-M	F4₁32

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase 分子量: 18479.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: coaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A059ZFC5, UniProt: B0V8I3*PLUS, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-COD / DEPHOSPHO COENZYME A / デホスホCoA 分子量: 687.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₅N₇O₁₃P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1M LITHIUM SULPHATE, 2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→49.5 Å / Num. obs: 6957 / % possible obs: 92.27 % / 冗長度: 8.5 % / CC_1/2: 0.98 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 30.61
反射シェル	解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 13 % / Mean I/σ(I) obs: 5.02 / Num. unique obs: 534 / CC_1/2: 0.92 / R_rim(I) all: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6JOG

6jog

解像度: 3.202→49.497 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 13.406 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.643 / ESU R Free: 0.354 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2327	334	4.801 %
R_work	0.175	6623	-
all	0.178	-	-
obs	-	6957	92.378 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.279 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.202→49.497 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1305	0	45	22	1372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.821	1.644	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.317	1.57	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.41	5	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.545	21.392	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.833	15	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.835	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	668
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	678
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.246	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.3	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.075	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.499	7.589	651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.461	7.584	650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.489	11.368	812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	11.485	11.378	813
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.2	8.741	730
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.194	8.749	731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.69	12.741	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	13.683	12.75	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	17.222	91.649	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	17.225	91.721	1552

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.202-3.285	0.676	1	0.409	13	X-RAY DIFFRACTION	2.5878
3.285-3.375	0.281	22	0.241	472	X-RAY DIFFRACTION	93.5606
3.375-3.473	0.32	29	0.236	481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.473-3.579	0.26	20	0.21	471	X-RAY DIFFRACTION	100
3.579-3.697	0.287	25	0.216	461	X-RAY DIFFRACTION	100
3.697-3.826	0.283	22	0.191	448	X-RAY DIFFRACTION	100
3.826-3.971	0.164	27	0.16	423	X-RAY DIFFRACTION	100
3.971-4.132	0.192	18	0.154	422	X-RAY DIFFRACTION	99.7732
4.132-4.316	0.197	17	0.143	402	X-RAY DIFFRACTION	100
4.316-4.526	0.143	18	0.122	378	X-RAY DIFFRACTION	100
4.526-4.771	0.182	21	0.113	375	X-RAY DIFFRACTION	100
4.771-5.06	0.181	15	0.134	350	X-RAY DIFFRACTION	100
5.06-5.409	0.314	9	0.151	340	X-RAY DIFFRACTION	100
5.409-5.841	0.228	17	0.178	316	X-RAY DIFFRACTION	100
5.841-6.397	0.266	15	0.191	289	X-RAY DIFFRACTION	100
6.397-7.15	0.311	13	0.201	262	X-RAY DIFFRACTION	100
7.15-8.251	0.265	18	0.194	238	X-RAY DIFFRACTION	100
8.251-10.095	0.223	11	0.143	211	X-RAY DIFFRACTION	100
10.095-14.229	0.176	13	0.183	160	X-RAY DIFFRACTION	98.2955
14.229-49.497	0.825	3	0.48	111	X-RAY DIFFRACTION	92.6829

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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