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万見
- PDB-6kks: Structural insights into target DNA recognition by R2R3-type MYB ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kks
タイトルStructural insights into target DNA recognition by R2R3-type MYB transcription factor
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*GP*AP*AP*TP*T)-3')
  • Transcription factor WER
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Transcription factor / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


root hair cell differentiation / cell fate commitment / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor WER
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Wang, B. / Luo, Q.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into target DNA recognition by R2R3-MYB transcription factors.
著者: Wang, B. / Luo, Q. / Li, Y. / Yin, L. / Zhou, N. / Li, X. / Gan, J. / Dong, A.
履歴
登録2019年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor WER
B: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*GP*AP*AP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9594
ポリマ－26,9353
非ポリマー241
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.084, 63.927, 73.956
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor WER / Myb-related protein 66 / AtMYB66 / Protein WEREWOLF


分子量: 14066.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: WER / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9SEI0
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*CP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*C)-3')


分子量: 6317.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*CP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*AP*GP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 6551.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M MES pH 6.0, 30%(v/v) PEG600, 5%(w/v) PEG1000 and 10%(v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.364 Å / Num. obs: 13918 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.242 % / Biso Wilson estimate: 43.053 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.064 / Net I/σ(I): 21.04 / Num. measured all: 198226
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.15-2.2814.3740.9353.531823221522140.9240.969100
2.28-2.4414.580.6175.5330342208120810.9740.64100
2.44-2.6314.5350.3768.728271194519450.9880.39100
2.63-2.8814.4960.25112.8226151180418040.9930.26100
2.88-3.2214.3230.12421.1823447163716370.9990.129100
3.22-3.7214.0360.06638.520492146014600.9990.068100
3.72-4.5413.7240.05348.916318124211890.9990.05595.7
4.54-6.413.960.05151.97139329989980.9990.053100
6.4-48.36412.6270.04355.374505955900.9990.04599.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H8A

1h8a


解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.484 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2456 624 4.5 %RANDOM
Rwork0.2136 ---
obs0.215 13289 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.58 Å2 / Biso mean: 40.619 Å2 / Biso min: 21.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.12 Å2-0 Å20 Å2
2--2.98 Å2-0 Å2
3---1.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数873 812 1 69 1755
Biso mean--30.67 38.79 -
残基数----146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0151802
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021327
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1491.5252599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.19733072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6585105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.96522.38142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48515171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.85159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02414
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 36 -
Rwork0.275 984 -
all-1020 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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