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- PDB-6kkh: Crystal structure of the oxalate bound malyl-CoA lyase from Rosei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kkh
タイトルCrystal structure of the oxalate bound malyl-CoA lyase from Roseiflexus castenholzii
要素HpcH/HpaI aldolase
キーワードLYASE / Malyl-CoA lyase / CitE-like superfamily / Roseiflexus castenholzii / Conformational changes
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Citrate lyase beta subunit-like / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OXALATE ION / HpcH/HpaI aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Tang, W.R. / Wang, Z.G. / Zhang, C.Y. / Wang, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31870740 中国
National Science Foundation (China)31570738 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: The C-terminal domain conformational switch revealed by the crystal structure of malyl-CoA lyase from Roseiflexus castenholzii.
著者: Tang, W. / Wang, Z. / Zhang, C. / Wang, C. / Min, Z. / Zhang, X. / Liu, D. / Shen, J. / Xu, X.
履歴
登録2019年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HpcH/HpaI aldolase
B: HpcH/HpaI aldolase
C: HpcH/HpaI aldolase
D: HpcH/HpaI aldolase
E: HpcH/HpaI aldolase
F: HpcH/HpaI aldolase
G: HpcH/HpaI aldolase
H: HpcH/HpaI aldolase
I: HpcH/HpaI aldolase
J: HpcH/HpaI aldolase
K: HpcH/HpaI aldolase
L: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,68422
ポリマ－459,79512
非ポリマー88910
水4,900272
1
A: HpcH/HpaI aldolase
B: HpcH/HpaI aldolase
C: HpcH/HpaI aldolase
D: HpcH/HpaI aldolase
E: HpcH/HpaI aldolase
F: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,34211
ポリマ－229,8976
非ポリマー4455
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30380 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area70670 Å2
手法PISA
2
G: HpcH/HpaI aldolase
H: HpcH/HpaI aldolase
I: HpcH/HpaI aldolase
J: HpcH/HpaI aldolase
K: HpcH/HpaI aldolase
L: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,34211
ポリマ－229,8976
非ポリマー4455
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30400 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area70440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.899, 156.652, 155.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
HpcH/HpaI aldolase / malyl-CoA lyase


分子量: 38316.215 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Roseiflexus castenholzii (strain DSM 13941 / HLO8) (バクテリア)
株: DSM 13941 / HLO8 / 遺伝子: Rcas_0912 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7NHT0
#2: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: The RfxMCL was incubated with Maganesium ion, oxalate and propionyl-CoA at a 1:1.5:1.5 molar ratio before crystallization to obtain the crystal of RfxMCL-OXL in a reservoir solution ...詳細: The RfxMCL was incubated with Maganesium ion, oxalate and propionyl-CoA at a 1:1.5:1.5 molar ratio before crystallization to obtain the crystal of RfxMCL-OXL in a reservoir solution containing 16 % PEG8000, 0.2 M ammonium acetate and 0.1 M Tris pH8.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 133993 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.64→2.7 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / Num. unique obs: 6605 / CC1/2: 0.879 / Rsym value: 0.689 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KIN

6kin


解像度: 2.64→49.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 14.101 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.35
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2602 6782 5.1 %RANDOM
Rwork0.1988 ---
obs0.2019 127186 98.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.17 Å2 / Biso mean: 56.437 Å2 / Biso min: 14.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.55 Å20 Å2-0.49 Å2
2---1.86 Å20 Å2
3---4.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.64→49.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31303 0 58 272 31633
Biso mean--53.56 40.52 -
残基数----4035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01532154
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01729565
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9111.75443686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3141.69469080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.02354008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.35818.7411160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.246154514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.26615211
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.24143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02136275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025857
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.709 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 482 -
Rwork0.283 9000 -
all-9482 -
obs--95.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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