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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4l7z | ||||||
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Title | Crystal Structure of Chloroflexus aurantiacus malyl-CoA lyase | ||||||
![]() | HpcH/HpaI aldolase | ||||||
![]() | LYASE / TIM barrel | ||||||
Function / homology | ![]() malyl-CoA lyase / carbon fixation by 3-hydroxypropionate cycle / L-erythro-3-methylmalyl-CoA lyase activity / malyl-CoA lyase activity / (S)-citramalyl-CoA lyase / (S)-citramalyl-CoA lyase activity / oxaloacetate metabolic process / magnesium ion binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zarzycki, J. / Kerfeld, C.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: The crystal structures of the tri-functional Chloroflexus aurantiacus and bi-functional Rhodobacter sphaeroides malyl-CoA lyases and comparison with CitE-like superfamily enzymes and malate synthases. Authors: Zarzycki, J. / Kerfeld, C.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 409.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 336.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 468.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 475.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 77.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 108.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4l80C ![]() 4l9ySC ![]() 4l9zC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 38415.344 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A9WC35, UniProt: S5N020*PLUS, malyl-CoA lyase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.6 Details: 1 part protein solution (3.5 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 2 mM magnesium chloride, 100 mM sodium chloride) + 1 part buffer (60 mM Bis-Tris propane/citric acid, pH 6.6, 20% w/v PEG3350, ...Details: 1 part protein solution (3.5 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 2 mM magnesium chloride, 100 mM sodium chloride) + 1 part buffer (60 mM Bis-Tris propane/citric acid, pH 6.6, 20% w/v PEG3350, 20 mM magnesium chloride), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 21, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Asymmetric curved crystal Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9765 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.502→38.535 Å / Num. all: 88943 / Num. obs: 88943 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.5 % / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 10.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4L9Y Resolution: 2.502→38.535 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.8 / Phase error: 27.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.76 Å2 / Biso mean: 21.7119 Å2 / Biso min: 4.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.502→38.535 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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