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万見
- PDB-6kk8: XN joint refinement of manganese catalase from Thermus Thermophil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kk8
タイトルXN joint refinement of manganese catalase from Thermus Thermophilus HB27
要素Pseudocatalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Manganese catalase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Manganese catalase / Manganese catalase, ferritin-like di-iron-binding domain / Manganese containing catalase / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / MANGANESE (III) ION / OXYGEN ATOM / Pseudocatalase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / 中性子回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Yamada, T. / Yano, N. / Kusaka, K.
引用ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2019
タイトル: Single-crystal time-of-flight neutron Laue methods: application to manganese catalase from Thermus thermophilus HB27
著者: Yamada, T. / Yano, N. / Hosoya, T. / Kusaka, K.
履歴
登録2019年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudocatalase
B: Pseudocatalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,22615
ポリマ－66,6902
非ポリマー53613
水4,954275
1
A: Pseudocatalase
B: Pseudocatalase
ヘテロ分子

A: Pseudocatalase
B: Pseudocatalase
ヘテロ分子

A: Pseudocatalase
B: Pseudocatalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,67945
ポリマ－200,0716
非ポリマー1,60839
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area48370 Å2
ΔGint-408 kcal/mol
Surface area43300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.396, 133.396, 133.396
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pseudocatalase


分子量: 33345.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C1872 / プラスミド: pMKE1
詳細 (発現宿主): a gene inserted at NdeI, HindIII restriction sites
発現宿主: Thermus thermophilus HB27 (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB27 / 参照: UniProt: Q72GH6, catalase

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非ポリマー , 5種, 288分子

#2: 化合物
ChemComp-MN3 / MANGANESE (III) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水


分子量: 15.999 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.65 % / 解説: final pD 8.2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 1.95 M Ammonium Sulfate d-8, 14.5v/v% ethylenglycol, 50 mM AMPSO buffer pD 9.6. Drop: 32 mg/mL of manganese catalase was mixed with equal volume of Reservoir.

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12931N
22931N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A10.98
SPALLATION SOURCEJPARC MLF BL-03J-PARC MLF BEAMLINE BL-0323-6
検出器
タイプID検出器日付詳細
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2017年3月20日Focusing mirrors with rhodium coated silicon single crystal
22016年12月1日Ni-Ti supermirror neutron guide Detector: iBIXDetector type: WSF PSD (Wavelength Shift Fiber Position Sensitive Detector)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooledSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
231
361
反射

Biso Wilson estimate: 16.08 Å2 / Entry-ID: 6KK8

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Observed criterion σ(I)冗長度 (%)Rmerge(I) obsRpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.37-44.5164892100-39.80.0920.03125.7
2.349-14.43250998.2-35.20.3220.15124.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.37-1.398.40.9561.881880.3651100
2.35-2.434.40.7421.4145240.381297

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
Coot0.8.9.1モデル構築
精密化

% reflection Rfree: 4.99 % / SU ML: 0.14 / R Free selection details: Random selection / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 13.28 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 2V8U

2v8u

/ 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)詳細
1.37-44.465X-RAY DIFFRACTION0.13320.12220.1228823216481699.9811.33Unobserved atoms with zero occupancy were removed from the structure after the refinement.
2.349-14.384NEUTRON DIFFRACTION0.1910.15160.153616223249498.232-2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→44.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4572 0 23 275 4870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26119221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3882903
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.23698
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062111
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.00710929
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.26119221
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3882903
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.23698
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062111
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3701-1.38560.31042740.30235185X-RAY DIFFRACTION100
1.3856-1.40190.28932720.26755205X-RAY DIFFRACTION100
1.4019-1.4190.24132690.24065224X-RAY DIFFRACTION100
1.419-1.4370.26782730.22345128X-RAY DIFFRACTION100
1.437-1.45590.21512660.20135167X-RAY DIFFRACTION100
1.4559-1.47580.22052730.18935206X-RAY DIFFRACTION100
1.4758-1.49690.19012740.17575154X-RAY DIFFRACTION100
1.4969-1.51930.19912730.16215211X-RAY DIFFRACTION100
1.5193-1.5430.17092710.15465200X-RAY DIFFRACTION100
1.543-1.56830.16062740.15645201X-RAY DIFFRACTION100
1.5683-1.59540.16972690.15015176X-RAY DIFFRACTION100
1.5954-1.62440.15842750.14245217X-RAY DIFFRACTION100
1.6244-1.65560.15082680.14025171X-RAY DIFFRACTION100
1.6556-1.68940.15172700.13865190X-RAY DIFFRACTION100
1.6894-1.72610.14442760.13045200X-RAY DIFFRACTION100
1.7261-1.76630.15282790.12655223X-RAY DIFFRACTION100
1.7663-1.81050.15392780.12415202X-RAY DIFFRACTION100
1.8105-1.85940.12462740.11415178X-RAY DIFFRACTION100
1.8594-1.91410.12832730.11155218X-RAY DIFFRACTION100
1.9141-1.97590.10872710.10835196X-RAY DIFFRACTION100
1.9759-2.04650.12542740.10755261X-RAY DIFFRACTION100
2.0465-2.12850.10972770.10585195X-RAY DIFFRACTION100
2.1285-2.22540.11992740.10675245X-RAY DIFFRACTION100
2.2254-2.34270.11492810.10725213X-RAY DIFFRACTION100
2.3427-2.48940.12162770.10755238X-RAY DIFFRACTION100
2.4894-2.68160.10982660.10785257X-RAY DIFFRACTION100
2.6816-2.95140.12852810.11575273X-RAY DIFFRACTION100
2.9514-3.37840.12822780.11865274X-RAY DIFFRACTION100
3.3784-4.25590.11422760.10165322X-RAY DIFFRACTION100
4.2559-44.48870.11672960.11545454X-RAY DIFFRACTION100
2.349-2.41780.23051340.19952509NEUTRON DIFFRACTION97
2.4178-2.49540.25961360.20212600NEUTRON DIFFRACTION100
2.4954-2.58410.24191300.18942603NEUTRON DIFFRACTION100
2.5841-2.6870.20971320.17062599NEUTRON DIFFRACTION100
2.687-2.80840.20811400.16672569NEUTRON DIFFRACTION100
2.8084-2.95520.23211350.16192600NEUTRON DIFFRACTION100
2.9552-3.13860.19211390.15622590NEUTRON DIFFRACTION100
3.1386-3.3780.20891360.14672611NEUTRON DIFFRACTION100
3.378-3.71270.17211340.1312607NEUTRON DIFFRACTION99
3.7127-4.23780.13751340.11532576NEUTRON DIFFRACTION99
4.2378-5.29460.15351390.12212575NEUTRON DIFFRACTION97
5.2946-14.38470.16641330.14722433NEUTRON DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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