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万見
- PDB-6kk2: Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kk2
タイトルCrystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 2
要素
  • NS3 protease
  • Serine protease subunit NS2B
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral protease / Protease inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus ...Thrombin, subunit H - #120 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D9U / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Quek, J.P.
資金援助 シンガポール, 3件
組織認可番号国
Other governmentStart up grant シンガポール
Other governmentCBRG15May045 シンガポール
Other governmentNRF2016NRF-CRP001-063 シンガポール
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2020
タイトル: Structure-Based Macrocyclization of Substrate Analogue NS2B-NS3 Protease Inhibitors of Zika, West Nile and Dengue viruses.
著者: Braun, N.J. / Quek, J.P. / Huber, S. / Kouretova, J. / Rogge, D. / Lang-Henkel, H. / Cheong, E.Z.K. / Chew, B.L.A. / Heine, A. / Luo, D. / Steinmetzer, T.
履歴
登録2019年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease subunit NS2B
B: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5623
ポリマ－24,9032
非ポリマー6591
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.413, 42.413, 215.689
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-323-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine protease subunit NS2B / NS2B cofactor


分子量: 5865.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 NS3 protease


分子量: 19037.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス)
株: Mr 766 / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72, UniProt: Q32ZE1*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-D9U / 1-[(10~{S},17~{S},20~{S})-17,20-bis(4-azanylbutyl)-4,9,16,19,22-pentakis(oxidanylidene)-3,8,15,18,21-pentazabicyclo[22.2.2]octacosa-1(27),24(28),25-trien-10-yl]guanidine


分子量: 658.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H54N10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.84 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium acetate trihydrate 4.6, 25% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→42.4 Å / Num. obs: 13825 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Net I/σ(I): 35.1
反射 シェル解像度: 2.02→2.1 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1265 / CC1/2: 0.96 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GPI

5gpi


解像度: 2.02→42.4 Å / 交差検証法: NONE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 689 5.01 %
Rwork0.219 --
obs-13825 99.4 %
原子変位パラメータBiso max: 101.88 Å2 / Biso min: 24.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→42.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1431 0 47 38 1516
Biso mean--65.22 49.21 -
残基数----193
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.09 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.298 61
Rwork0.235 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.67860.4840.58388.60093.557.58350.44460.503-0.00340.5306-0.61130.5770.0765-1.2497-0.2060.36540.0458-0.01960.41220.020.3471-26.35069.8197-18.6458
22.38610.24140.71.82750.40622.4380.07730.06770.1458-0.6183-0.097-0.35040.08610.6056-0.01490.65070.09360.11050.5829-0.09520.4215-8.6585-5.5092-19.1788
33.715-0.21111.81912.76091.44293.9284-0.05660.06390.8887-0.436-0.22670.86120.1585-0.8072-0.02130.5748-0.066-0.01430.37970.03370.3513-27.30259.1963-17.7159
43.50782.1215-0.64764.196-0.39261.96770.4675-0.16620.52280.1059-0.47970.5048-0.1403-0.29-0.12040.4137-0.00960.0120.253-0.02290.3617-20.402913.4744-15.3792
53.2324-0.2661-0.38772.12290.48912.5464-0.27940.1320.3689-0.02670.30760.1519-0.6137-0.1358-0.08570.3653-0.01560.05050.27920.02210.3461-23.48167.2599-9.3768
63.85850.1976-0.19061.6808-0.11672.68970.46060.3627-0.15190.4616-0.13360.1198-0.31560.0213-0.06280.4487-0.02740.06130.2312-0.00660.3258-22.57542.8378-4.653
71.21920.1816-0.78011.63010.13092.3933-0.2750.6781-0.25380.1477-0.43230.32241.0155-0.42110.14040.4783-0.0359-0.00270.3151-0.01290.352-22.2432-9.0408-16.4069
83.07070.5282-0.89254.82960.4552.71410.37860.98240.3417-0.4883-0.3957-0.4224-0.0564-0.3296-0.11830.36270.04040.02350.34950.0470.391-18.35915.3151-26.4824
91.77220.5285-0.07931.35710.97840.6373-0.04020.292-0.1139-0.1051-0.00480.0879-0.13260.05920.02540.3513-0.02170.0480.3926-0.02740.3253-10.9629-4.4839-20.1229
104.0803-0.59340.28612.6921.44283.74980.1687-0.24710.1014-0.36760.0240.0042-0.07420.2585-0.17610.406-0.05530.05990.247-0.00670.3018-14.7877-4.2829-17.8777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 50 through 60 )A50 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 87 )A61 - 87
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 17 through 27 )B17 - 27
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 28 through 42 )B28 - 42
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 43 through 62 )B43 - 62
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 63 through 79 )B63 - 79
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 80 through 94 )B80 - 94
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 95 through 106 )B95 - 106
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 107 through 137 )B107 - 137
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 138 through 171 )B138 - 171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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