PDB-6kjc: lovastatin esterase PcEST, wild type

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kjc

タイトル

lovastatin esterase PcEST, wild type

要素

Pc15g00720 protein

キーワード

HYDROLASE / family VIII esterase / lovastatin hydrolysis / monacolin J / simvastatin

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Penicillium rubens Wisconsin 54-1255 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.297 Å

データ登録者

Liang, Y.J. / Lu, X.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of lovastatin hydrolase
著者: Liang, Y.J. / Lu, X.F.

履歴

登録	2019年7月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kjc.cif.gz	174.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kjc.ent.gz	136.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kjc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kjc_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kjc_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6kjc_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	6kjc_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kjc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kjdC 6kjeC 6kjfC 4lclS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kjd-2 6kjd-1 4uwt-d 6kjf-2 3cel-d 5mck-1 6kje-2 2boa-1 5oa5-1 6hr5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pc15g00720 protein

B: Pc15g00720 protein

ヘテロ分子

90.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pc15g00720 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pc15g00720 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.576, 129.576, 272.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-503- HOH
2	1	A-616- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resseq -13:140 or resseq 142:144 or resseq 146:396))
2	1	(chain B and (resseq -13:140 or resseq 142:144 or resseq 146:396))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	GLN	GLN	(chain A and (resseq -13:140 or resseq 142:144 or resseq 146:396))	A	A	-13 - 140	5 - 158
1	2	ALA	ALA	PRO	PRO	(chain A and (resseq -13:140 or resseq 142:144 or resseq 146:396))	A	A	142 - 144	160 - 162
1	3	ASN	ASN	LYS	LYS	(chain A and (resseq -13:140 or resseq 142:144 or resseq 146:396))	A	A	146 - 396	164 - 414
2	1	HIS	HIS	GLN	GLN	(chain B and (resseq -13:140 or resseq 142:144 or resseq 146:396))	B	B	-13 - 140	5 - 158
2	2	ALA	ALA	PRO	PRO	(chain B and (resseq -13:140 or resseq 142:144 or resseq 146:396))	B	B	142 - 144	160 - 162
2	3	ASN	ASN	LYS	LYS	(chain B and (resseq -13:140 or resseq 142:144 or resseq 146:396))	B	B	146 - 396	164 - 414

#1: タンパク質	Pc15g00720 protein / PcEST 分子量: 45368.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Penicillium rubens Wisconsin 54-1255 (菌類) 株: Wisconsin 54-1255 / 遺伝子: Pc15g00720, PCH_Pc15g00720 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6H6L7
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.22 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4M sodium formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: NFPSS

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.297→30 Å / Num. obs: 60901 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.6 % / B_iso Wilson estimate: 39.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 1.097 / Net I/σ(I): 10.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	6.3	0.511	5948	0.1	0.213	0.556	1.061	99.7
2.38-2.48	7.1	0.493	5974	0.232	0.193	0.531	1.101	99.6
2.48-2.59	7.8	0.464	5977	0.536	0.171	0.496	1.117	99.8
2.59-2.73	9.2	0.43	6003	0.743	0.145	0.456	1.163	99.9
2.73-2.9	10.2	0.378	6028	0.896	0.121	0.397	1.212	99.9
2.9-3.12	11.8	0.272	6038	0.974	0.079	0.284	1.232	99.9
3.12-3.43	13.1	0.165	6085	0.993	0.045	0.172	1.198	99.9
3.43-3.93	16.4	0.099	6128	0.998	0.024	0.102	1.097	99.9
3.93-4.95	16.3	0.068	6187	0.999	0.017	0.07	1.03	99.8
4.95-30	17.3	0.048	6533	1	0.012	0.05	0.913	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LCL

4lcl

解像度: 2.297→29.258 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 30.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2624	2000	3.29 %
R_work	0.2207	-	-
obs	0.2221	60851	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 145.38 Å² / B_iso mean: 52.0086 Å² / B_iso min: 22.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.297→29.258 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6336	0	12	224	6572
B_iso mean	-	-	44.3	42.6	-
残基数	-	-	-	-	828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6498
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.191	8819
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	965
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1154
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.005	3801

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3743	X-RAY DIFFRACTION	7.218	TORSIONAL
1	2	B	3743	X-RAY DIFFRACTION	7.218	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2972-2.3546	0.3938	139	0.3928	4089	99
2.3546-2.4183	0.422	140	0.3869	4104	100
2.4183-2.4894	0.3961	140	0.3742	4150	100
2.4894-2.5697	0.3717	140	0.3474	4099	100
2.5697-2.6615	0.3829	141	0.3269	4147	100
2.6615-2.768	0.3449	141	0.3096	4163	100
2.768-2.8938	0.3176	142	0.2864	4166	100
2.8938-3.0463	0.3374	141	0.2536	4161	100
3.0463-3.2369	0.2816	144	0.2388	4205	100
3.2369-3.4864	0.2869	142	0.2252	4188	100
3.4864-3.8366	0.2194	143	0.1794	4226	100
3.8366-4.3902	0.2129	145	0.1588	4260	100
4.3902-5.5251	0.1989	147	0.1545	4325	100
5.5251-29.258	0.1955	155	0.1619	4568	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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