PDB-6kit: Structure of mouse CXorf40A, Selenomethionine derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kit

タイトル

Structure of mouse CXorf40A, Selenomethionine derivative

要素

Uncharacterized protein CXorf40 homolog

キーワード

IMMUNE SYSTEM / PUA-like / ASCH domain / Chromosome X / mitochondria

機能・相同性

Protein EOLA1/EOLA2 / ASCH / ASCH domain / ASCH domain / PUA-like superfamily / Protein EOLA1

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Wu, B.X.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of mouse CXorf40A, Selenomethionine derivative
著者: Wu, B.X.

履歴

登録	2019年7月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kit.cif.gz	47 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kit.ent.gz	35 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kit.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kit_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kit_full_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示
XML形式データ	6kit_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	6kit_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/6kit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/6kit	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kir
類似構造データ	6kis-d 6rpp-d 1l1r-d 5laa-1 1kva-d 4fyb-1 4jo5-d 2x5y-d 4unr-2 4al2-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein CXorf40 homolog

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.128, 96.102, 33.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-408- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein CXorf40 homolog 分子量: 18176.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D1F3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2% v/v Polyethylene glycol 400, 2.0 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97623 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 23707 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Net I/σ(I): 22.21
反射シェル	解像度: 1.57→1.63 Å / Num. unique obs: 2320

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.57→30 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2174	-	-
R_work	0.1834	-	-
obs	0.1851	22436	99.81 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1269	0	15	159	1443

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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