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- PDB-6khy: The crystal structure of AsfvAP:AG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6khy
タイトルThe crystal structure of AsfvAP:AG
要素
  • DNA (AGCGTCACCGACGAGGC)
  • DNA(AGCGTCACCGACGAGG)
  • DNA(CCTCGTCGGGGACGC)
  • DNA(CCTCGTCGGGGACGCT)
  • DNA(CCTCGTCGGGGACGCTG)
  • DNA(GCAGCGTCACCGACGAGG)
  • Probable AP endonuclease
キーワードDNA BINDING PROTEIN / EndonucleaseIV / ASFV
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / exonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / virion component / base-excision repair / endonuclease activity / host cell cytoplasm / host cell nucleus / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonuclease 2, zinc binding site / AP endonucleases family 2 signature 3. / AP endonucleases family 2 profile. / AP endonuclease 2 / AP endonuclease family 2 / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Probable AP endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.008 Å
データ登録者Chen, Y.Q. / Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370728 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2020
タイトル: A unique DNA-binding mode of African swine fever virus AP endonuclease.
著者: Chen, Y. / Chen, X. / Huang, Q. / Shao, Z. / Gao, Y. / Li, Y. / Yang, C. / Liu, H. / Li, J. / Wang, Q. / Ma, J. / Zhang, Y.Z. / Gu, Y. / Gan, J.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable AP endonuclease
B: Probable AP endonuclease
C: Probable AP endonuclease
D: Probable AP endonuclease
E: DNA(CCTCGTCGGGGACGCTG)
F: DNA(GCAGCGTCACCGACGAGG)
G: DNA(CCTCGTCGGGGACGCT)
H: DNA(AGCGTCACCGACGAGG)
I: DNA(CCTCGTCGGGGACGC)
J: DNA (AGCGTCACCGACGAGGC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,01126
ポリマ－165,44510
非ポリマー1,56616
水00
1
A: Probable AP endonuclease
C: Probable AP endonuclease
E: DNA(CCTCGTCGGGGACGCTG)
F: DNA(GCAGCGTCACCGACGAGG)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,58112
ポリマ－77,7984
非ポリマー7838
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable AP endonuclease
G: DNA(CCTCGTCGGGGACGCT)
H: DNA(AGCGTCACCGACGAGG)
ヘテロ分子

B: Probable AP endonuclease
G: DNA(CCTCGTCGGGGACGCT)
H: DNA(AGCGTCACCGACGAGG)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,11614
ポリマ－87,3336
非ポリマー7838
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
3
D: Probable AP endonuclease
I: DNA(CCTCGTCGGGGACGC)
J: DNA (AGCGTCACCGACGAGGC)
ヘテロ分子

D: Probable AP endonuclease
I: DNA(CCTCGTCGGGGACGC)
J: DNA (AGCGTCACCGACGAGGC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,74414
ポリマ－87,9616
非ポリマー7838
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)110.512, 148.504, 178.058
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain I and (resseq 2:3 or resseq 5:7 or resseq 9:16))
21(chain G and (resseq 2:3 or resseq 5:7 or resseq 9:16))
12(chain A and (resseq -2:7 or resseq 10:16 or (resid...
22(chain B and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...
32(chain C and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...
42(chain D and (resseq -2:7 or resseq 10:16 or (resid...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label alt-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label alt-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111DCADCDCADC(chain I and (resseq 2:3 or resseq 5:7 or resseq 9:16))II2 - 32 - 3
121DCADCDTADT(chain I and (resseq 2:3 or resseq 5:7 or resseq 9:16))II5 - 75 - 7
131DGADGDCADC(chain I and (resseq 2:3 or resseq 5:7 or resseq 9:16))II9 - 169 - 16
211DCBDCDCBDC(chain G and (resseq 2:3 or resseq 5:7 or resseq 9:16))GG2 - 31 - 2
221DCBDCDTBDT(chain G and (resseq 2:3 or resseq 5:7 or resseq 9:16))GG5 - 74 - 6
231DGBDGDCBDC(chain G and (resseq 2:3 or resseq 5:7 or resseq 9:16))GG9 - 168 - 15
112GLYGLYSERSER(chain A and (resseq -2:7 or resseq 10:16 or (resid...AA-2 - 73 - 12
122LEULEUCYSCYS(chain A and (resseq -2:7 or resseq 10:16 or (resid...AA10 - 1615 - 21
132GLYGLYGLYGLY(chain A and (resseq -2:7 or resseq 10:16 or (resid...AA05
142GLYGLYLYSLYS(chain A and (resseq -2:7 or resseq 10:16 or (resid...AA-2 - 2963 - 301
152GLYGLYLYSLYS(chain A and (resseq -2:7 or resseq 10:16 or (resid...AA-2 - 2963 - 301
162GLYGLYLYSLYS(chain A and (resseq -2:7 or resseq 10:16 or (resid...AA-2 - 2963 - 301
172GLYGLYLYSLYS(chain A and (resseq -2:7 or resseq 10:16 or (resid...AA-2 - 2963 - 301
182GLYGLYLYSLYS(chain A and (resseq -2:7 or resseq 10:16 or (resid...AA-2 - 2963 - 301
212GLYGLYSERSER(chain B and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...BB-2 - 73 - 12
222LEULEUASPASP(chain B and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...BB10 - 1315 - 18
232SERSERSERSER(chain B and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...BB1419
242GLYGLYLYSLYS(chain B and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...BB-2 - 2963 - 301
252GLYGLYLYSLYS(chain B and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...BB-2 - 2963 - 301
262GLYGLYLYSLYS(chain B and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...BB-2 - 2963 - 301
272GLYGLYLYSLYS(chain B and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...BB-2 - 2963 - 301
312GLYGLYSERSER(chain C and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...CC-2 - 73 - 12
322LEULEUASPASP(chain C and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...CC10 - 1315 - 18
332GLYGLYGLYGLY(chain C and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...CC05
342GLYGLYLYSLYS(chain C and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...CC-2 - 2963 - 301
352GLYGLYLYSLYS(chain C and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...CC-2 - 2963 - 301
362GLYGLYLYSLYS(chain C and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...CC-2 - 2963 - 301
372GLYGLYLYSLYS(chain C and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...CC-2 - 2963 - 301
382GLYGLYLYSLYS(chain C and (resseq -2:7 or resseq 10:13 or (resid...CC-2 - 2963 - 301
412GLYGLYSERSER(chain D and (resseq -2:7 or resseq 10:16 or (resid...DD-2 - 73 - 12
422LEULEUCYSCYS(chain D and (resseq -2:7 or resseq 10:16 or (resid...DD10 - 1615 - 21
432THRTHRTHRTHR(chain D and (resseq -2:7 or resseq 10:16 or (resid...DD1722

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Probable AP endonuclease / APE


分子量: 33842.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (isolate Tick/South Africa/Pretoriuskop Pr4/1996) (ウイルス)
株: isolate Tick/South Africa/Pretoriuskop Pr4/1996 / 遺伝子: Pret-146 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0C9C6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

-
DNA鎖 , 6種, 6分子 EFGHIJ

#2: DNA鎖 DNA(CCTCGTCGGGGACGCTG)


分子量: 5220.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
#3: DNA鎖 DNA(GCAGCGTCACCGACGAGG)


分子量: 4893.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
#4: DNA鎖 DNA(CCTCGTCGGGGACGCT)


分子量: 4891.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
#5: DNA鎖 DNA(AGCGTCACCGACGAGG)


分子量: 4933.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
#6: DNA鎖 DNA(CCTCGTCGGGGACGC)


分子量: 4916.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
#7: DNA鎖 DNA (AGCGTCACCGACGAGGC)


分子量: 5222.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

-
非ポリマー , 2種, 16分子

#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% w/v PEG 3350 0.1 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 28960 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 60.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.669 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 215889
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.114.50.36227710.6210.1750.4050.28296
3.11-3.234.90.31928220.8280.1470.3540.32196.5
3.23-3.385.40.25628290.9180.110.280.32897.5
3.38-3.565.50.23328720.6320.10.2550.59597.9
3.56-3.786.30.16628560.7250.0680.180.49598.4
3.78-4.0780.12529040.9930.0440.1330.54599.2
4.07-4.489.10.08629150.9980.0280.0910.62299.5
4.48-5.129.70.07229650.9990.0230.0760.70499.7
5.12-6.449.80.06629560.9990.0210.0690.76999.4
6.44-3010.70.04330700.9990.0130.0451.19599.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.008→29.934 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 25.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 1461 5.06 %
Rwork0.2106 --
obs0.2125 28896 98.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 185.7 Å2 / Biso mean: 55.875 Å2 / Biso min: 11.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.008→29.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9209 2002 32 0 11243
Biso mean--53.34 --
残基数----1290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55416316
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411864
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031705
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1126456
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11I242X-RAY DIFFRACTION10.599TORSIONAL
12G242X-RAY DIFFRACTION10.599TORSIONAL
21A5108X-RAY DIFFRACTION10.599TORSIONAL
22B5108X-RAY DIFFRACTION10.599TORSIONAL
23C5108X-RAY DIFFRACTION10.599TORSIONAL
24D5108X-RAY DIFFRACTION10.599TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 3.0082→3.1156 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3436 161
Rwork0.3084 -
obs-2610

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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