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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ki3 | ||||||
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Title | The crystal structure of AsfvAP:dF commplex | ||||||
![]() |
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / EndonucleaseIV / ASFV / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / exonuclease activity / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / DNA repair / host cell nucleus / DNA binding / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, Y. / Gan, J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A unique DNA-binding mode of African swine fever virus AP endonuclease. Authors: Chen, Y. / Chen, X. / Huang, Q. / Shao, Z. / Gao, Y. / Li, Y. / Yang, C. / Liu, H. / Li, J. / Wang, Q. / Ma, J. / Zhang, Y.Z. / Gu, Y. / Gan, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 164.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 128.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 856.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 862.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 33842.094 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: isolate Tick/South Africa/Pretoriuskop Pr4/1996 / Gene: Pret-146 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P0C9C6, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters |
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-DNA chain , 3 types, 6 molecules CFDGEH
#2: DNA chain | Mass: 2716.787 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() #3: DNA chain | Mass: 2327.533 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() #4: DNA chain | Mass: 5220.359 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 2 types, 95 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-ZN / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 13% w/v PEG 10,000 0.1 M Ammonium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 7, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→30 Å / Num. obs: 34031 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 0.909 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 112297 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 106.19 Å2 / Biso mean: 38.6675 Å2 / Biso min: 14.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.354→28.348 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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