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- PDB-6kh5: Design and crystal structure of protein MOFs with ferritin nanoca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kh5
タイトルDesign and crystal structure of protein MOFs with ferritin nanocages as linkers and nickel clusters as nodes
要素Ferritin
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein MOF / ferritin / nickel
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / Ferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Penaeus japonicus (クルマエビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.294 Å
データ登録者Gu, C. / Chen, H. / Wang, Y. / Zhang, T. / Wang, H. / Zhao, G.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31730069 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31671805 中国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Insight into Binary Protein Metal-Organic Frameworks with Ferritin Nanocages as Linkers and Nickel Clusters as Nodes.
著者: Gu, C. / Chen, H. / Wang, Y. / Zhang, T. / Wang, H. / Zhao, G.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7675
ポリマ－19,5351
非ポリマー2324
水97354
1
A: Ferritin
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,402120
ポリマ－468,83624
非ポリマー5,56696
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-11
crystal symmetry operation4_564x,-y+1,-z-11
crystal symmetry operation5_654z+1,x,y-11
crystal symmetry operation6_665z+1,-x+1,-y1
crystal symmetry operation7_564-z,-x+1,y-11
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_564y,z+1,x-11
crystal symmetry operation10_665-y+1,z+1,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_654-y+1,-z,x-11
crystal symmetry operation13_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation14_664-y+1,-x+1,-z-11
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation17_565x,z+1,-y1
crystal symmetry operation18_664-x+1,z+1,y-11
crystal symmetry operation19_655-x+1,-z,-y1
crystal symmetry operation20_554x,-z,y-11
crystal symmetry operation21_655z+1,y,-x1
crystal symmetry operation22_664z+1,-y+1,x-11
crystal symmetry operation23_554-z,y,x-11
crystal symmetry operation24_565-z,-y+1,-x1
Buried area105490 Å2
ΔGint-1197 kcal/mol
Surface area130730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.533, 118.533, 118.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-347-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferritin


分子量: 19534.824 Da / 分子数: 1 / 変異: T161H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penaeus japonicus (クルマエビ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: T2B7E1, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.37 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1 M NH4H2PO4, 100 mM Tris ( pH = 8.5 )

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.4938 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.294→50 Å / Num. obs: 24172 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.194 / Χ2: 0.892 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.38191.08312870.9680.2511.1120.65100
2.38-2.4821.60.99613080.9710.2171.020.673100
2.48-2.5921.80.76112880.9770.1660.780.722100
2.59-2.7323.60.54912990.9870.1150.5610.763100
2.73-2.922.80.39513280.9910.0840.4040.871100
2.9-3.1223.50.24513140.9940.0510.251.053100
3.12-3.4422.90.17613210.9950.0380.181.031100
3.44-3.93230.12713410.9950.0270.131.053100
3.93-4.9521.80.10813800.9970.0230.110.998100
4.95-5020.40.09214810.9980.0210.0941.02399.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A4U

6a4u


解像度: 2.294→39.511 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2029 2425 10.03 %
Rwork0.1587 21747 -
obs0.1631 24172 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 192.36 Å2 / Biso mean: 31.7986 Å2 / Biso min: 14.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.294→39.511 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1372 0 4 54 1430
Biso mean--107.88 35.35 -
残基数----170
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.294-2.34080.26981410.21304
2.3408-2.39170.24371390.19141272
2.3917-2.44730.21731440.18061272
2.4473-2.50850.24561420.18421285
2.5085-2.57630.291430.17161290
2.5763-2.65210.2191400.17321263
2.6521-2.73770.22151420.16191281
2.7377-2.83550.19941470.17171259
2.8355-2.9490.23161390.16431288
2.949-3.08310.2341410.16881264
3.0831-3.24560.20711440.16961281
3.2456-3.44890.19211420.16591272
3.4489-3.7150.2231460.15331285
3.715-4.08850.1761430.13491292
4.0885-4.67930.14161440.12421266
4.6793-5.89220.20381410.15161283
5.8922-39.5110.17251470.16261290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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