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万見
- PDB-6kfw: The cytochrome P450 enzyme CxnD for C-S bond formation in chuangx... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kfw
タイトルThe cytochrome P450 enzyme CxnD for C-S bond formation in chuangxinmycin biosynthesis
要素CxnD
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / CxnD
機能・相同性Chem-D8L / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
機能・相同性情報
生物種Actinoplanes tsinanensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hong, B.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: The Cytochrome P450 Catalyzing C-S Bond Formation in S-Heterocyclization of Chuangxinmycin Biosynthesis.
著者: Shi, Y. / Jiang, Z. / Hu, X. / Hu, X. / Gu, R. / Jiang, B. / Zuo, L. / Li, X. / Sun, H. / Zhang, C. / Wang, L. / Wu, L. / Hong, B.
履歴
登録2019年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: database_2 / entity_src_gen
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CxnD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5136
ポリマ－45,3731
非ポリマー1,1405
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.460, 76.291, 80.029
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 CxnD


分子量: 45372.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinoplanes tsinanensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-D8L / (2R)-3-(1H-indol-3-yl)-2-methylsulfanyl-propanoic acid


分子量: 235.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 29784 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1312 / Rpim(I) all: 0.198 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WHW

2whw


解像度: 2→25.88 Å / SU ML: 0.1981 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.4137 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 1474 4.97 %
Rwork0.1823 28156 -
obs0.1851 29630 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3169 0 74 278 3521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01713322
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.58784540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2368508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0103590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.11581248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.24481290.21042424X-RAY DIFFRACTION95.8
2.06-2.140.23441290.18942543X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.220.24361160.172563X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.320.22291150.16652552X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.450.24221350.17772548X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.60.23841400.17852548X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.80.26231450.18592560X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.080.27291390.19832574X-RAY DIFFRACTION99.96
3.08-3.530.22521630.18622554X-RAY DIFFRACTION99.89
3.53-4.440.21341540.16392605X-RAY DIFFRACTION99.6
4.44-25.880.2511090.19152685X-RAY DIFFRACTION97.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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