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- PDB-6kfr: Amino-transferase (AMT) Domain - Arg Complex of Hybrid Polyketide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kfr
タイトルAmino-transferase (AMT) Domain - Arg Complex of Hybrid Polyketide/Non-Ribosomal Peptide Synthetase
要素Mycosubtilin synthase subunit A
キーワードTRANSFERASE / Amino-transferase / Hybrid Polyketide/Non-Ribosomal Peptide Synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / transaminase activity / ligase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
CurL-like, PKS C-terminal / Amino acid adenylation domain / Condensation domain / Condensation domain / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain ...CurL-like, PKS C-terminal / Amino acid adenylation domain / Condensation domain / Condensation domain / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Mycosubtilin synthase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Tian, Q.W. / Jiang, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570768 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure Insights into the Molecular Mechanism of Two Tailoring Domains of Hybrid Polyketide/Non-Ribosomal Peptide Synthetase
著者: Tian, Q.W. / Jiang, T.
履歴
登録2019年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low
改定 1.22025年3月12日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details ...pdbx_database_related / pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycosubtilin synthase subunit A
B: Mycosubtilin synthase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7546
ポリマ－102,9092
非ポリマー8454
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11760 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area30790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.597, 89.650, 134.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Mycosubtilin synthase subunit A


分子量: 51454.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: mycA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q9R9J1, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化温度: 312 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 10 mM MgCl2, 5 mM NiCl, 0.1 M HEPES, pH 6.7, 18% (v/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 18563 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.979 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.224 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 10.43
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique obs: 776 / CC1/2: 0.781 / Rpim(I) all: 0.279 / Rrim(I) all: 0.907 / Χ2: 0.916 / % possible all: 83.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13-2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KFM

6kfm


解像度: 3.1→42.53 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2773 1574 -
Rwork0.1756 --
obs0.1858 15746 90.46 %
原子変位パラメータBiso mean: 45.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→42.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7068 0 52 0 7120
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.211 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3417 --
Rwork0.2186 --
obs-1108 65.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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