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- PDB-6kfq: Crystal structure of thermophilic rhodopsin from Rubrobacter xyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kfq
タイトルCrystal structure of thermophilic rhodopsin from Rubrobacter xylanophilus
要素Rhodopsin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Rhodopsin / Transporter / H+ transport
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MPG / RETINAL / Rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Rubrobacter xylanophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Suzuki, K. / Akiyama, T. / Hayashi, T. / Yasuda, S. / Kanehara, K. / Kojima, K. / Tanabe, M. / Kato, R. / Senda, T. / Sudo, Y. ...Suzuki, K. / Akiyama, T. / Hayashi, T. / Yasuda, S. / Kanehara, K. / Kojima, K. / Tanabe, M. / Kato, R. / Senda, T. / Sudo, Y. / Kinoshita, M. / Murata, T.
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2020
タイトル: How Does a Microbial Rhodopsin RxR Realize Its Exceptionally High Thermostability with the Proton-Pumping Function Being Retained?
著者: Hayashi, T. / Yasuda, S. / Suzuki, K. / Akiyama, T. / Kanehara, K. / Kojima, K. / Tanabe, M. / Kato, R. / Senda, T. / Sudo, Y. / Murata, T. / Kinoshita, M.
履歴
登録2019年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,02920
ポリマ－25,8481
非ポリマー6,18119
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.930, 68.410, 107.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Rhodopsin


分子量: 25847.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rubrobacter xylanophilus (strain DSM 9941 / NBRC 16129) (バクテリア)
株: DSM 9941 / NBRC 16129 / 遺伝子: Rxyl_2037 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1AUE6
#2: 化合物
ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES (pH 6.0), 100 mM Li2SO4, 30% PEG 600 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→42.37 Å / Num. obs: 19923 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 28.74 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 17.05
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
5.48-42.375.6953.2385810.02199.1
3.89-5.486.2155.2414110.9990.02899.8
2.76-3.186.3838.4317920.9990.04299.8
2.47-2.766.4323.9420650.9970.078100
2.25-2.476.5216.1723490.9960.11999.9
2.09-2.256.579.825850.9890.19699.9
1.95-2.096.626.4527810.9740.299100
1.95-2.096.663.6229870.940.52100
1.84-1.956.361.8731590.8270.96198

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y9H

4y9h


解像度: 1.84→34.2 Å / SU ML: 0.2217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.6633
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 997 5.01 %
Rwork0.1925 --
obs0.1942 19905 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→34.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1744 0 218 20 1982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00491992
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7352655
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0408313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.09011157
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.940.34661370.27822586X-RAY DIFFRACTION97.63
1.94-2.060.27941400.22232657X-RAY DIFFRACTION99.75
2.06-2.220.23721400.19462667X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.440.23791420.18242683X-RAY DIFFRACTION99.89
2.44-2.790.21971420.17982706X-RAY DIFFRACTION99.86
2.79-3.520.21511440.1882731X-RAY DIFFRACTION99.93
3.52-34.20.21041520.18812878X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85685338582-0.140702775388-0.7987987772631.907840861310.3577545027591.19118862031-0.07014124916580.068661419335-0.09939840374670.678345149281-0.1499785759550.3076393696110.764013199986-0.4371577519830.1807930888480.5035295858-0.1749081995580.1398769068790.282930369784-0.1000792959390.3812345333757.94587052537-19.5665835148-24.8095253181
21.46751648544-0.335453982646-0.8699180699541.881051830541.062410474663.072236963360.0719726725902-0.114098412512-0.04707031696080.472389166072-0.4753030758660.5374887934520.175224873223-0.7907996802680.2508505704080.315314020802-0.1991730867370.1122638310620.458948175237-0.1641599958580.3949857795322.8333698616-12.3882904313-22.6022988004
30.597666371381-0.1741524989690.9050921795242.884247418660.561671522134.81105353467-0.05683413723180.219339855877-0.0345365048921-0.444955489706-0.3225120171880.281159012715-0.026895273972-0.6419541354870.3440129486740.1742579518980.0421385540972-0.03274198488360.313693024808-0.06195878905430.2600339601036.65156451059-3.26735755173-28.0495028432
46.07886022208-1.825263665173.137341530714.09431064634-1.196184270361.64154852131-0.521230603282-0.676061589035-0.2609671102362.01762643497-0.01222877074581.64277479932-0.214838063863-1.105219302270.5700700072260.8920585514030.1256771667870.2210988012810.535990121998-0.03159759558280.5445717575771.926218034522.85979261374-3.49434839955
52.02619432115-0.9618784553440.2750111721764.50495319360.4982789363324.263218335020.1082504817660.1443822447190.194997333531-0.342801347805-0.137167989146-0.187170549028-0.595784484597-0.2443619874270.001855180943910.281723353080.0959689961818-0.02570304740660.204933454125-0.008527593765910.28872889406110.17812184886.81185347558-22.452512152
61.58673275956-0.641382022158-1.626029483723.81901997263-0.5530265031378.21620837235-0.118357676185-0.1882254976360.02004438463120.4372682017810.0208295985359-0.3625946519010.09457650581810.3771823878620.02827670979970.1964916738910.00900852451822-0.03621230633480.178168529913-0.01782116142710.24744747990716.9308905999-3.55955595134-16.598812754
71.25717596199-0.792382052547-0.3398678979333.653271462922.581495705782.827711272280.05176165325860.1482455979170.0142139659167-0.127988308941-0.0722543159119-0.1346578573220.0550368803572-0.1251405695790.00261686500380.176034806854-0.005774210738280.02234060784970.219115976309-0.01552404450550.30603880161415.7880595108-9.17012272295-28.9330354893
85.431247393010.331713132173-0.1103569563465.717028473153.653319629572.353374823390.0420492942342-0.61850743413-0.4889361487770.82440644052-0.4619789162790.1151766987230.916102019271-0.1294296581020.4213759195141.09610642467-0.08549391332210.168211780910.3413480292780.01182923523320.3424900570128.02690044062-12.9334464713-1.08292252373
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 90 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 91 through 97 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 98 through 155 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 156 through 184 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 185 through 217 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 218 through 229 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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