PDB-6kf1: Microbial Hormone-sensitive lipase- E53 mutant S162A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kf1

タイトル

Microbial Hormone-sensitive lipase- E53 mutant S162A

要素

(Lipase) x 2

キーワード

HYDROLASE / Esterase / Microbial Hormone-sensitive lipase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Erythrobacter longus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.996 Å

データ登録者

Xiaochen, Y. / Zhengyang, L. / Xuewei, X. / Jixi, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Functional and Structural Insights into Environmental Adaptation of a Novel Hormone-sensitive Lipase, E53, Obtained from Erythrobacter longus
著者: Xiaochen, Y. / Yingyi, H. / Zhengyang, L. / Shuling, J. / Zhen, R. / Zhao, W. / Xiaojian, H. / Henglin, C. / Jixi, L. / Xuewei, X.

履歴

登録	2019年7月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kf1.cif.gz	283.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kf1.ent.gz	219 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kf1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kf1_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kf1_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	6kf1_validation.xml.gz	60.9 KB	表示
CIF形式データ	6kf1_validation.cif.gz	92.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/6kf1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/6kf1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ypvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kf5-d 6keu-d 6kf7-d 4hwk-d 6wo5-1 6cp0-d 3a5y-d 6wo5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipase

B: Lipase

C: Lipase

D: Lipase

ヘテロ分子

133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.394, 129.786, 220.582
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lipase 分子量: 32623.162 Da / 分子数: 3 / 変異: S162A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Erythrobacter longus (バクテリア) 遺伝子: EH31_02760 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A074MDU6
#2: タンパク質	Lipase 分子量: 32738.252 Da / 分子数: 1 / 変異: S162A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Erythrobacter longus (バクテリア) 遺伝子: EH31_02760 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A074MDU6

-
非ポリマー , 7種, 1450分子

#3: 化合物	ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL 分子量: 139.109 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-6NA / HEXANOIC ACID / ヘキサン酸分子量: 116.158 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#8: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Calcium chloride, Bis-Tris, PEG MME 550, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.996→48.701 Å / Num. obs: 136953 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 31.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 42.633
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / R_merge(I) obs: 0.357 / Num. unique obs: 13515

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YPV

4ypv

解像度: 1.996→48.701 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.525 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1894	6777	4.922 %
R_work	0.1589	-	-
all	0.16	-	-
obs	-	136861	99.819 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.316 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.035 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.029 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.006 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.996→48.701 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9125	0	186	1429	10740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	9505
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.738	1.643	12953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.461	1.568	20705
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.613	5	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.575	20.812	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.399	15	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.875	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	10795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	8795
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	4871
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	4356
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.157	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.081	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.085	3.181	4954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.065	3.179	4949
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.517	4.746	6178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.519	4.746	6177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.829	3.501	4551
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.829	3.501	4552
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.14	5.128	6775
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.14	5.128	6776
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.509	41.384	11327
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.448	41.137	11219

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.996-2.048	0.229	472	0.194	9485	X-RAY DIFFRACTION	99.1239
2.048-2.104	0.214	467	0.176	9373	X-RAY DIFFRACTION	99.9797
2.104-2.165	0.225	441	0.175	9109	X-RAY DIFFRACTION	99.9686
2.165-2.231	0.21	491	0.167	8825	X-RAY DIFFRACTION	99.9464
2.231-2.304	0.201	449	0.156	8566	X-RAY DIFFRACTION	99.9557
2.304-2.385	0.209	418	0.152	8308	X-RAY DIFFRACTION	99.9542
2.385-2.475	0.204	410	0.157	8018	X-RAY DIFFRACTION	99.9526
2.475-2.576	0.199	414	0.148	7707	X-RAY DIFFRACTION	99.9508
2.576-2.691	0.189	398	0.152	7442	X-RAY DIFFRACTION	99.9363
2.691-2.822	0.2	388	0.152	7094	X-RAY DIFFRACTION	99.9866
2.822-2.974	0.196	341	0.165	6740	X-RAY DIFFRACTION	99.9718
2.974-3.155	0.21	326	0.175	6441	X-RAY DIFFRACTION	99.9409
3.155-3.372	0.18	327	0.174	6027	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.372-3.642	0.196	305	0.17	5619	X-RAY DIFFRACTION	99.8988
3.642-3.99	0.184	248	0.154	5221	X-RAY DIFFRACTION	99.7083
3.99-4.46	0.148	245	0.126	4725	X-RAY DIFFRACTION	99.6991
4.46-5.148	0.157	238	0.13	4165	X-RAY DIFFRACTION	99.5703
5.148-6.302	0.173	169	0.156	3598	X-RAY DIFFRACTION	99.8674
6.302-8.898	0.163	151	0.151	2832	X-RAY DIFFRACTION	99.7993
8.898-48.701	0.246	79	0.216	1626	X-RAY DIFFRACTION	97.2618

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関連情報:EMDBヘッダ

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