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万見
- PDB-6kcx: Crystal structure of citrate complex of alpha-glucuronidase (TM07... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kcx
タイトルCrystal structure of citrate complex of alpha-glucuronidase (TM0752)from Thermotoga maritima
要素Alpha-glucosidase, putative
キーワードHYDROLASE / Glycosyl hydrolase / Carbohydrate metabolism / Alpha-glucuronidase / Citrate complex / NAD(P) binding Rossman fold domain-like / LDH C-terminal domain-like / Cobalt bound
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Glycoside hydrolase, family 4 / Glycosyl hydrolase, family 4, C-terminal / Family 4 glycosyl hydrolase / Family 4 glycosyl hydrolase C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / : / IMIDAZOLE / ISOPROPYL ALCOHOL / Alpha-glucosidase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.933 Å
データ登録者Manoj, N. / Mohapatra, B.S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Structure of an alpha-glucuronidase in complex with Co2+and citrate provides insights into the mechanism and substrate recognition in the family 4 glycosyl hydrolases.
著者: Mohapatra, S.B. / Manoj, N.
履歴
登録2019年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-glucosidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4686
ポリマ－56,8961
非ポリマー5725
水6,864381
1
A: Alpha-glucosidase, putative
ヘテロ分子

A: Alpha-glucosidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,93612
ポリマ－113,7922
非ポリマー1,14510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_658-x+1,y,-z+31
Buried area2970 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area35120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.420, 80.410, 89.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-glucosidase, putative


分子量: 56895.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0752 / プラスミド: pMH
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WZL1

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非ポリマー , 5種, 386分子

#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12 % PEG 3350, 0.2 M trilithium citrate, 0.1 M imidazole, pH 5.8, 2-propanol
PH範囲: 5.8-6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月1日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→43.54 Å / Num. obs: 38318 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 16.23 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 232326 / Scaling rejects: 29
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.93-1.975.50.3621214222210.8890.1660.3994.880.6
8.83-43.545.90.03225274260.9990.0140.03543.499

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.93 Å40.2 Å
Translation6.99 Å40.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575精密化
MOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.1.26データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VJT

1vjt


解像度: 1.933→40.205 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.25
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1843 1916 5 %Random selection
Rwork0.1411 ---
obs0.1432 38312 99.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.8 Å2 / Biso mean: 22.3266 Å2 / Biso min: 7.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.933→40.205 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 59 381 4250
Biso mean--30.5 25.51 -
残基数----470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7345392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6222361
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9329-1.98130.26191290.17582447257694
1.9813-2.03480.1931270.152726292756100
2.0348-2.09470.19331140.14526042718100
2.0947-2.16230.1571390.135625842723100
2.1623-2.23960.20051550.129525842739100
2.2396-2.32930.17081330.124626002733100
2.3293-2.43530.17461310.134226012732100
2.4353-2.56360.18581360.137726082744100
2.5636-2.72420.2031370.143826352772100
2.7242-2.93450.2181290.157125872716100
2.9345-3.22970.21031390.161626312770100
3.2297-3.69680.1751600.149325972757100
3.6968-4.65640.1611440.113626222766100
4.6564-40.21370.16041430.143326672810100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1554-0.04360.26280.91380.0251.28340.00130.25670.016-0.3052-0.00890.0607-0.132-0.09850.00070.25110.0267-0.00230.23380.00510.11713.95695.779789.6546
20.24130.10680.19670.5887-0.37750.87670.05190.1075-0.0837-0.1627-0.0582-0.05930.04730.07260.02370.15310.02630.02070.1545-0.02990.16512.8328-8.0888108.7422
31.2467-0.2465-0.5230.6863-0.14371.10960.05440.0931-0.0062-0.14810.00170.0384-0.0718-0.0319-0.05630.14820.0003-0.01130.0975-0.00390.11413.53116.5047109.756
40.5847-0.04840.13221.15320.13680.69-0.01330.0141-0.0927-0.0470.03190.26350.0051-0.1587-0.02130.0895-0.0047-0.01210.14230.00720.1653-11.4213-4.6749120.1518
50.1422-0.0843-0.11940.5203-1.14413.2371-0.19080.1609-0.1148-0.3435-0.0516-0.05160.2727-0.26410.15260.2899-0.0239-0.03730.2339-0.07490.210.1721-13.487993.1467
60.2621-0.029-0.19610.4045-0.12671.22240.02810.06910.0218-0.1057-0.01980.0765-0.1496-0.2394-0.00340.14350.0417-0.01170.14840.00490.1382-2.81529.843109.4194
70.27650.15090.0560.7601-0.1210.7650.03030.0611-0.0591-0.0748-0.0446-0.10780.07520.10290.00810.10740.02390.00540.1349-0.0140.135119.1299-8.7065119.5097
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 82 )A0 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 149 )A83 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 150 through 193 )A150 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 194 through 297 )A194 - 297
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 298 through 322 )A298 - 322
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 323 through 408 )A323 - 408
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 409 through 469 )A409 - 469

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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