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- PDB-6kcr: X-ray structure of the MtlR-HPr complex from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kcr
タイトルX-ray structure of the MtlR-HPr complex from Escherichia coli
要素
  • Mannitol operon repressor
  • Phosphocarrier protein HPr
キーワードGENE REGULATION / MtlR / HPr / glucose repression of mannitol operon / phosphotransferase system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphotransferase activity, nitrogenous group as acceptor / antisigma factor binding / regulation of carbon utilization / positive regulation of glycogen catabolic process / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / enzyme inhibitor activity / enzyme regulator activity / enzyme activator activity / negative regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mannitol repressor MtlR-like / MtlR-like superfamily / Mannitol repressor / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / HPr-like / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : ...Mannitol repressor MtlR-like / MtlR-like superfamily / Mannitol repressor / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / HPr-like / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Histidine-containing Protein; Chain: A; / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / Nucleotidyltransferases domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphocarrier protein HPr / Mannitol operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Choe, M. / Woo, J.S. / Seok, Y.J.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2018R1A5A1025077 韓国
National Research Foundation (Korea)2019R1A2C2004143 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural insight into glucose repression of the mannitol operon.
著者: Choe, M. / Min, H. / Park, Y.H. / Kim, Y.R. / Woo, J.S. / Seok, Y.J.
履歴
登録2019年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannitol operon repressor
B: Phosphocarrier protein HPr
C: Mannitol operon repressor
D: Phosphocarrier protein HPr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9394
ポリマ－63,9394
非ポリマー00
水00
1
A: Mannitol operon repressor
B: Phosphocarrier protein HPr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9692
ポリマ－31,9692
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Mannitol operon repressor
D: Phosphocarrier protein HPr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9692
ポリマ－31,9692
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.360, 122.317, 147.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNLEULEU(chain 'A' and resid 26 through 189)AA26 - 18932 - 195
221GLNGLNLEULEUchain 'C'CC26 - 18932 - 195
132METMETGLUGLUchain 'B'BB1 - 851 - 85
242METMETGLUGLUchain 'D'DD1 - 851 - 85

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Mannitol operon repressor / MtlR / Mannitol repressor protein


分子量: 22839.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: mtlR, b3601, JW3575 / Variant: MG1655 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P0AF10
#2: タンパク質 Phosphocarrier protein HPr / Histidine-containing protein


分子量: 9129.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ptsH, hpr, b2415, JW2408 / Variant: MG1655 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P0AA04

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.83 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris-HCl (pH 8.5), 200 mM Mg-acetate, 15% polyethylene glycol (PEG) 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 11374 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 121.23 Å2 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 567 / CC1/2: 0.816 / Rrim(I) all: 0.796 / Rsym value: 0.73 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BRJ

3brj


解像度: 3.5→29.4 Å / SU ML: 0.4309 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.5328
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2604 1136 9.99 %
Rwork0.2409 --
obs0.2429 11374 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 139.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3908 0 0 0 3908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00243966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53135374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0379637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.29052428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.660.34721380.32021238X-RAY DIFFRACTION98.71
3.66-3.850.33781420.30491278X-RAY DIFFRACTION99.86
3.85-4.090.31281390.28381261X-RAY DIFFRACTION99.72
4.09-4.410.27131400.25841259X-RAY DIFFRACTION99.79
4.41-4.850.27071420.24221281X-RAY DIFFRACTION99.72
4.85-5.540.29361420.25581273X-RAY DIFFRACTION99.79
5.54-6.970.30961450.2911309X-RAY DIFFRACTION99.79
6.97-29.40.19161480.18191339X-RAY DIFFRACTION98.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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