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- PDB-6kco: Shuguo PWWP in complex with ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kco
タイトルShuguo PWWP in complex with ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
  • LD23804p
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Shuguo / PWWP / histone reader / DNA binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / chromatin remodeling / nucleus
類似検索 - 分子機能
Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / TFIIS/LEDGF domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / JIL-1 anchoring and stabilizing protein, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Liu, Y.C. / Huang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31870741 中国
National Natural Science Foundation of China91640102 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Shuguo PWWP in complex with ssDNA
著者: Liu, Y.C. / Huang, Y.
履歴
登録2019年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LD23804p
B: LD23804p
C: LD23804p
D: LD23804p
E: LD23804p
F: LD23804p
G: LD23804p
H: LD23804p
I: LD23804p
J: LD23804p
K: LD23804p
L: LD23804p
M: LD23804p
N: LD23804p
O: LD23804p
P: LD23804p
1O: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
2M: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
1P: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
1H: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
4D: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
7E: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
6F: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
2G: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
5I: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
4J: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
3L: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
9N: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
6A: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
3B: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
7C: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
8K: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,42432
ポリマ－177,42432
非ポリマー00
水8,629479
1
A: LD23804p
B: LD23804p
6A: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
3B: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1784
ポリマ－22,1784
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: LD23804p
D: LD23804p
4D: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
7C: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1784
ポリマ－22,1784
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: LD23804p
F: LD23804p
7E: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
6F: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1784
ポリマ－22,1784
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: LD23804p
H: LD23804p
1H: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
2G: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1784
ポリマ－22,1784
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: LD23804p
J: LD23804p
5I: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
4J: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1784
ポリマ－22,1784
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: LD23804p
L: LD23804p
3L: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
8K: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1784
ポリマ－22,1784
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: LD23804p
N: LD23804p
2M: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
9N: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1784
ポリマ－22,1784
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
O: LD23804p
P: LD23804p
1O: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')
1P: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1784
ポリマ－22,1784
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.666, 76.326, 85.256
Angle α, β, γ (deg.)101.753, 106.077, 113.754
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

-
要素

#1: タンパク質
LD23804p


分子量: 9658.010 Da / 分子数: 16 / 断片: PWWP domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Dmel\CG7946, CG7946, Dmel_CG7946 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VAA9
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量: 1430.974 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.5and 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 55088 / % possible obs: 96.26 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 27.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.234 / Num. unique obs: 5126

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KD6

6kd6


解像度: 2.4→29.94 Å / SU ML: 0.2702 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.2361
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 2009 3.65 %
Rwork0.1982 52993 -
obs0.1997 55002 96.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10471 811 0 479 11761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003611591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.570715724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03851696
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00321835
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.84526865
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.27381140.21823161X-RAY DIFFRACTION79.43
2.46-2.530.30321480.2373650X-RAY DIFFRACTION93.41
2.53-2.60.30861290.23383779X-RAY DIFFRACTION95.55
2.6-2.690.32541570.2413802X-RAY DIFFRACTION97.3
2.69-2.780.30131340.23883848X-RAY DIFFRACTION97.81
2.78-2.890.30631580.21693811X-RAY DIFFRACTION97.88
2.89-3.020.27281470.22023871X-RAY DIFFRACTION98.24
3.02-3.180.27651370.22133902X-RAY DIFFRACTION97.87
3.18-3.380.25131480.20653855X-RAY DIFFRACTION98.69
3.38-3.640.22631510.19393862X-RAY DIFFRACTION98.41
3.64-4.010.22181440.17813876X-RAY DIFFRACTION98.46
4.01-4.590.18311490.1553876X-RAY DIFFRACTION99.21
4.59-5.770.16481480.16433866X-RAY DIFFRACTION98.21
5.77-29.940.19721450.20283834X-RAY DIFFRACTION97.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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