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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kcf | |||||||||
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タイトル | Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Candidatus Liberibacter asiaticus str. psy62 | |||||||||
要素 | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Liberibacter asiaticus | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Nan, J. / Zhang, S.R. / Jiang, L. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Molecules / 年: 2020 タイトル: Evaluation of Bronopol and Disulfiram as Potential Candidatus Liberibacter asiaticus Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase Inhibitors by Using Molecular Docking and Enzyme Kinetic. 著者: Nan, J. / Zhang, S. / Zhan, P. / Jiang, L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kcf.cif.gz | 217.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kcf.ent.gz | 171.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kcf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kcf_validation.pdf.gz | 459.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kcf_full_validation.pdf.gz | 472.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6kcf_validation.xml.gz | 38.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kcf_validation.cif.gz | 52.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/6kcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/6kcf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41059.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Liberibacter asiaticus (strain psy62) (バクテリア) 株: psy62 / 遺伝子: quaB, guaB, CLIBASIA_03930 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C6XG59, IMP dehydrogenase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→42.469 Å / Num. obs: 51023 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.58 % / Net I/σ(I): 19.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→3 Å / Num. unique obs: 50928 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→42.469 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.72
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 126.3 Å2 / Biso mean: 69.2922 Å2 / Biso min: 29.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.55→42.469 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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