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- PDB-6kc2: Crystal Structure of Lectin from Pleurotus ostreatus in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kc2
タイトルCrystal Structure of Lectin from Pleurotus ostreatus in complex with Rhamnose
要素Lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / Pleurotus ostreatus / mushroom / Ca binding protein
機能・相同性metal ion binding / alpha-L-rhamnopyranose / Lectin
機能・相同性情報
生物種Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.246 Å
データ登録者Gunasekaran, K. / Pletnev, S. / Luo, Z. / Vajravijayan, S. / Nandhagopal, N.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Crystallographic and calorimetric analysis on Pleurotus ostreatus lectin and its sugar complexes - promiscuous binding driven by geometry.
著者: Vajravijayan, S. / Pletnev, S. / Luo, Z. / Pletnev, V.Z. / Nandhagopal, N. / Gunasekaran, K.
履歴
登録2019年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6878
ポリマ－39,0051
非ポリマー1,6827
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.402, 152.402, 146.035
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Lectin / Lectin 1


分子量: 39004.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pleurotus ostreatus (ヒラタケ) / 参照: UniProt: E7E2M2
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖 ChemComp-RAM / alpha-L-rhamnopyranose / alpha-L-rhamnose / 6-deoxy-alpha-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / α-L-ラムノピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LRhapaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-rhamnopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-RhapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RhaSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.4 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.9M Na2HPO4/K2HPO4, 33% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月16日
放射モノクロメーター: undulator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 47965 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 36.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.185 / Χ2: 0.408 / Net I/σ(I): 3.4 / Num. measured all: 908329
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.3318.41.66946930.8650.3961.7160.37100
2.33-2.4218.31.4147470.8980.3351.450.374100
2.42-2.5316.51.13646940.9040.2841.1720.38299.5
2.53-2.6717.60.77546990.9510.1860.7980.38998.9
2.67-2.8320.90.50547550.9840.1120.5170.397100
2.83-3.0520.90.3147970.9930.0690.3180.422100
3.05-3.3620.50.17647790.9970.040.1810.448100
3.36-3.8519.90.09948420.9990.0230.1020.462100
3.85-4.8417.30.0648370.9990.0150.0620.44599.2
4.84-30190.04651220.9990.0110.0480.37499.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W5N

3w5n


解像度: 2.246→29.649 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 2000 4.17 %
Rwork0.2028 45912 -
obs0.2036 47912 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.91 Å2 / Biso mean: 36.5817 Å2 / Biso min: 20.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.246→29.649 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2510 0 108 181 2799
Biso mean--58.56 48.55 -
残基数----338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122695
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.073716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007471
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.871541
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2455-2.30170.28831380.24723164330298
2.3017-2.36390.25791400.244132193359100
2.3639-2.43340.27291420.244132523394100
2.4334-2.51190.32031410.251932533394100
2.5119-2.60160.2681390.2413174331398
2.6016-2.70570.28041410.227832563397100
2.7057-2.82880.25861420.230132443386100
2.8288-2.97780.29731420.227832733415100
2.9778-3.16410.271430.220832713414100
3.1641-3.40810.23621430.201832953438100
3.4081-3.75050.19541440.195633043448100
3.7505-4.29180.18451460.170533403486100
4.2918-5.40190.1531440.15833316346098
5.4019-29.65120.21031550.202835513706100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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