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- PDB-6kc0: fused To-MtbCsm1 with 2ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kc0
タイトルfused To-MtbCsm1 with 2ATP
要素CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A),CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Csm1 / polymersase
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / : / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / : / Cas10/Cmr2, second palm domain / HD domain profile. / HD domain ...: / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / : / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / : / Cas10/Cmr2, second palm domain / HD domain profile. / HD domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus onnurineus NA1 (古細菌)
Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.295 Å
データ登録者Li, T. / Huo, Y. / Jiang, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Mycobacterium tuberculosis CRISPR/Cas system Csm1 holds clues to the evolutionary relationship between DNA polymerase and cyclase activity.
著者: Zhang, S. / Li, T. / Huo, Y. / Yang, J. / Fleming, J. / Shi, M. / Wang, Y. / Wei, W. / Gu, S. / Bi, L. / Jiang, T. / Zhang, H.
履歴
登録2019年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A),CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2246
ポリマ－88,1361
非ポリマー1,0875
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area27650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.628, 53.622, 130.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A),CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / ssDNase Cas10 / Cyclic oligoadenylate synthase / ToCsm1 / ssDNase Cas10 / Cyclic oligoadenylate synthase


分子量: 88136.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus NA1 (古細菌), (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: NA1, ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: csm1, cas10, TON_0893, cas10, csm1, Rv2823c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B6YWB8, UniProt: P71629, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M BICINE pH 8.7 and 15% PEG 1,500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.295→64.539 Å / Num. obs: 34833 / % possible obs: 96.63 % / 冗長度: 3 % / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 12.31
反射 シェル解像度: 2.295→2.377 Å / Num. unique obs: 3276 / Rpim(I) all: 0.343 / Rsym value: 0.607

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3247: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UW2

4uw2


解像度: 2.295→64.359 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2857 1955 5.69 %
Rwork0.2134 --
obs0.2176 34363 96.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.295→64.359 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5423 0 65 180 5668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3687583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.5073326
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006965
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2952-2.35260.3131310.26822015X-RAY DIFFRACTION85
2.3526-2.41620.31521330.23792277X-RAY DIFFRACTION96
2.4162-2.48730.29131380.23592261X-RAY DIFFRACTION96
2.4873-2.56760.31831430.2312275X-RAY DIFFRACTION96
2.5676-2.65930.30541270.23082352X-RAY DIFFRACTION98
2.6593-2.76580.2991450.23232325X-RAY DIFFRACTION98
2.7658-2.89170.32321410.23222321X-RAY DIFFRACTION98
2.8917-3.04420.31321390.23012335X-RAY DIFFRACTION98
3.0442-3.23490.33611330.22532331X-RAY DIFFRACTION98
3.2349-3.48460.30431500.21042340X-RAY DIFFRACTION98
3.4846-3.83530.22191440.19722397X-RAY DIFFRACTION99
3.8353-4.39010.27251390.1792372X-RAY DIFFRACTION98
4.3901-5.53060.25141520.18412369X-RAY DIFFRACTION99
5.5306-64.3590.26811400.21992438X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.4966 Å / Origin y: 30.6729 Å / Origin z: 94.8244 Å
111213212223313233
T0.1625 Å20.0125 Å20.0215 Å2-0.075 Å20.0075 Å2--0.135 Å2
L2.2398 °2-0.2621 °20.3737 °2-0.821 °20.0097 °2--1.1709 °2
S-0.0829 Å °-0.3199 Å °-0.0332 Å °0.1822 Å °0.0579 Å °-0.0243 Å °-0.0445 Å °-0.0245 Å °-0.0129 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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