PDB-6kam: Crystal structure of FKRP in complex with Ba ion, CDP-ribtol, and...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kam

タイトル

Crystal structure of FKRP in complex with Ba ion, CDP-ribtol, and sugar acceptor

要素

Fukutin-related protein

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltranferase / phospho ribitoyl tranferase

機能・相同性

機能・相同性情報

pentose metabolic process / pentitol metabolic process / creatine metabolic process / filtration diaphragm assembly / connective tissue development / connective tissue replacement / reproductive process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / localization of cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Kuwabara, N.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of fukutin-related protein (FKRP), a ribitol-phosphate transferase related to muscular dystrophy.
著者: Kuwabara, N. / Imae, R. / Manya, H. / Tanaka, T. / Mizuno, M. / Tsumoto, H. / Kanagawa, M. / Kobayashi, K. / Toda, T. / Senda, T. / Endo, T. / Kato, R.

履歴

登録	2019年6月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kam.cif.gz	848.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kam.ent.gz	596.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6kam_validation.pdf.gz	7.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kam_full_validation.pdf.gz	8.3 MB	表示
XML形式データ	6kam_validation.xml.gz	75 KB	表示
CIF形式データ	6kam_validation.cif.gz	95.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6kam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6kam	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fukutin-related protein

B: Fukutin-related protein

C: Fukutin-related protein

D: Fukutin-related protein

ヘテロ分子

205 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.571, 119.240, 254.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Fukutin-related protein / Ribitol-5-phosphate transferase 分子量: 50026.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKRP / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnT- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H9S5

-
糖 , 2種, 8分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpNAcb1-3DGlcpNAcb1-4DManpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a1122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 211分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP 分子量: 403.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₃O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-RB0 / D-ribitol / リビト-ル分子量: 152.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4-8 % PEG 4,000, 0.1 M HEPES-NaOH (pH7.5), 0.5 M LiCl2 and 20 mM BaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→45.69 Å / Num. obs: 86984 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 55.27 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 2.46→2.51 Å / R_merge(I) obs: 1.315 / Num. unique obs: 8055 / CC_1/2: 0.745 / R_pim(I) all: 0.759 / R_rim(I) all: 1.424

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.46→45.69 Å / SU ML: 0.3515 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.2135 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2492	4332	4.98 %
R_work	0.2084	82652	-
obs	0.2104	86984	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→45.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13769	0	290	193	14252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	14498
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9488	19896
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2222
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.5359	10083

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.49	0.3605	125	0.3532	2608	X-RAY DIFFRACTION	95.93
2.49-2.52	0.3906	150	0.3618	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.52-2.55	0.3756	136	0.3554	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.55-2.59	0.3645	152	0.3312	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.59-2.62	0.3797	153	0.3393	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.62-2.66	0.3707	141	0.3199	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.66-2.69	0.3914	135	0.3135	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.69-2.73	0.3412	152	0.2926	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.73-2.78	0.2952	142	0.2756	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.78-2.82	0.3089	148	0.2644	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.82-2.87	0.3593	140	0.2607	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.87-2.92	0.307	145	0.2619	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.92-2.98	0.2911	131	0.2668	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.98-3.04	0.3047	154	0.2686	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.04-3.11	0.3067	148	0.2643	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.18	0.2903	145	0.251	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.18-3.26	0.3168	146	0.252	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.26-3.35	0.284	140	0.2316	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.35-3.44	0.2616	155	0.2304	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.44-3.55	0.2675	145	0.2211	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.55-3.68	0.249	150	0.213	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.68-3.83	0.2444	140	0.1948	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.83-4	0.2258	151	0.1775	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4-4.21	0.2159	142	0.1756	2793	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.21-4.48	0.2171	123	0.1631	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.48-4.82	0.2005	153	0.1557	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.82-5.31	0.1856	133	0.1623	2835	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.31-6.07	0.2208	145	0.1925	2821	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.07-7.65	0.2071	167	0.177	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
7.65-45.69	0.1917	145	0.1615	2998	X-RAY DIFFRACTION	99.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.05000311299	0.938570033203	0.126376529097	2.65842614772	0.470700288224	3.31022840651	-0.0286894503833	-0.0447367222342	0.209420587926	0.0171292597956	-0.0748113626298	0.432358743147	-0.389085353081	-0.501263267156	0.118631182956	0.624711514861	0.140418413922	-0.00752452694524	0.451287336193	0.0130896976497	0.424845203445	-8.08811531963	243.098988	34.9542353443
2	4.24830378042	1.09414511441	2.88651605123	1.40291135251	1.46725272748	2.32910595078	0.054108268857	-0.103248130777	-0.143973967567	0.464151853037	0.0325205675359	-0.194641488868	0.0222501134586	-0.14724123201	-0.0399784834626	0.727375770675	0.0193193559196	0.000556802882986	0.442831879938	0.0539225695555	0.361689582607	15.3068902174	238.212506917	51.7127235758
3	4.92371243679	-0.375014955272	1.98081497615	5.66816564477	1.15739385349	5.2639650022	-0.164486257358	0.0548216999321	0.378674200123	0.671555341214	0.165556309292	-1.07184363216	-0.0121384533565	0.58271722703	-0.00576935119212	0.694961793438	0.00569296100061	-0.203945756907	0.501784836645	0.0420671308269	0.659830667358	34.154726354	246.338990918	64.6087453166
4	4.47770172855	1.6494069403	0.434128508985	6.11678902006	0.723229823102	3.30453111606	-0.151201084186	0.0959559521763	-0.0543261004654	-0.139821718871	0.227861732469	-1.18816111631	-0.345055774468	0.434035686581	-0.214807747079	0.676040247757	-0.096107418722	0.0430190222436	0.439750240581	-0.0640903506921	0.666019853586	29.7678269497	251.427758734	22.4695199879
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6	3.03278079322	1.03549671652	0.323855635703	3.87176219681	1.25129690229	3.52457424361	-0.016775005342	0.521938489396	0.0916035689679	-0.802382403578	0.276210971645	-0.682284818704	-0.58142252382	0.437696591352	-0.112808329764	0.871766934892	-0.134886665442	0.168656106194	0.468973043885	-0.0148769288334	0.626316157414	24.3936068519	252.184424128	14.3205097979
7	3.32324945456	2.1357584553	0.68631180405	3.69464704847	1.21411135007	2.05551450189	-0.0540444386675	0.53795060879	-0.630057719098	-0.422041826589	0.305903191699	-0.795418684567	-0.0740973528021	0.311115099043	-0.24767602725	0.752136860318	0.000191904170113	0.120443003871	0.450733449233	-0.0922088533215	0.627012558726	23.5825946913	237.969018131	11.5688741679
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14	2.22641641136	0.729965195283	-0.330991309129	3.56577786798	-1.16920412379	2.31263505096	0.335280509268	-0.337722603057	0.294114908421	0.299689915121	-0.310934184041	-0.182259437934	-0.60952750614	0.489089505082	-0.017758701252	0.703037529816	-0.14929712256	0.00955778860132	0.473109735659	-0.0089970246565	0.398692582633	35.485481154	317.338060567	20.0410250465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 46 through 250 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 251 through 336 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 337 through 491 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 47 through 83 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 84 through 111 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 112 through 150 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 151 through 253 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 254 through 296 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 297 through 491 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 47 through 289 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 290 through 454 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 455 through 491 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 47 through 271 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 272 through 491 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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