PDB-6kaj: Crystal structure of FKRP in complex with Ba ion

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kaj

タイトル

Crystal structure of FKRP in complex with Ba ion

要素

Fukutin-related protein

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltranferase / phospho ribitoyl tranferase

機能・相同性

機能・相同性情報

pentose metabolic process / pentitol metabolic process / filtration diaphragm assembly / connective tissue development / oxygen metabolic process / connective tissue replacement / creatine metabolic process / reproductive process / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2249 Å

データ登録者

Kuwabara, N.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of fukutin-related protein (FKRP), a ribitol-phosphate transferase related to muscular dystrophy.
著者: Kuwabara, N. / Imae, R. / Manya, H. / Tanaka, T. / Mizuno, M. / Tsumoto, H. / Kanagawa, M. / Kobayashi, K. / Toda, T. / Senda, T. / Endo, T. / Kato, R.

履歴

登録	2019年6月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kaj.cif.gz	848.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kaj.ent.gz	595.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kaj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6kaj_validation.pdf.gz	6.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kaj_full_validation.pdf.gz	6.5 MB	表示
XML形式データ	6kaj_validation.xml.gz	68.9 KB	表示
CIF形式データ	6kaj_validation.cif.gz	95 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6kaj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/6kaj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6kakC 6kalC 6kamC 6kanC 6l7sC 6l7tC 6l7uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kam-d 6kak-d 6kan-d 6l7s-d 6l7u-d 6l7t-d 6kal-d 1de4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fukutin-related protein

B: Fukutin-related protein

C: Fukutin-related protein

D: Fukutin-related protein

ヘテロ分子

205 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.369, 118.820, 253.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCD

#1: タンパク質

Fukutin-related protein / Ribitol-5-phosphate transferase

分子量: 50026.805 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKRP / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnT- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9H9S5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 551分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP 分子量: 403.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₃O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-RB0 / D-ribitol / リビト-ル分子量: 152.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₂O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4-8% PEG 4,000, 0.1 M HEPES-NaOH (pH7.5), 0.5 M LiCl2 and 20 mM BaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→44.16 Å / Num. obs: 114810 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 39.56 Å² / Net I/σ(I): 14.36
反射シェル	解像度: 2.2249→2.2502 Å / Num. unique obs: 3420

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2249→44.158 Å / SU ML: 0.3127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3496

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2439	5723	4.98 %
R_work	0.2086	-	-
obs	0.2103	114810	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2249→44.158 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13774	0	256	535	14565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0051	14444
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8676	19814
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0487	2210
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	2596
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.7635	9282

LS精密化シェル

解像度: 2.2249→2.25 Å /

	反射数	%反射
R_free	173	-
R_work	3420	-
obs	-	93.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0122879998	0.931934404264	0.051138768785	2.31762900854	0.232123452388	2.41905114743	0.00328647347699	-0.0195170610849	0.26010118388	0.141742790427	-0.0695148703281	0.405297216893	-0.111608963825	-0.498686103569	0.0408044407673	0.396928904751	0.0909006083015	0.0566854875081	0.359358824311	0.0248605234121	0.333089513894	-8.27203640541	242.100805545	34.6694176958
2	3.14752296203	0.699547638479	2.49822081123	1.29638042629	1.40067981583	2.37553102397	0.0666214903631	-0.187326533181	-0.153204182944	0.40768205404	-0.00100621246183	-0.126174552577	0.172580626977	-0.175857680884	-0.057026825242	0.532522864158	0.0365608990934	0.0555241778029	0.305149389791	0.0596894387994	0.303038705033	15.2078081745	237.341287446	51.1792023014
3	4.30479776635	-0.728887849389	1.94890201924	4.82095366036	0.662857914272	5.35067236233	-0.119514156508	0.222574987392	0.5063782786	0.579208224998	-0.0684105870921	-1.07131506423	-0.107175412197	0.784643558821	0.185457553315	0.559536115031	-0.0133498726869	-0.151501806018	0.434261614296	0.0885360996802	0.522109731496	34.1542145028	245.413216561	64.1013105054
4	2.41003431666	1.21572660569	0.467338042071	3.30329899809	1.05011119879	1.98157841043	0.015707418616	0.328498357089	-0.245680512018	-0.307299623794	0.164875793028	-0.679572208261	-0.0266458998292	0.329397554289	-0.16897803452	0.453318797254	0.0139976085485	0.0853683444023	0.326710029411	-0.0171277337015	0.461348148327	24.3517302446	242.920098754	17.5262278795
5	1.75780778903	0.243979476475	0.424324470505	5.35937813514	0.0107022553646	2.90737931642	0.112676453527	-0.277785198835	-0.287931525031	0.299921781153	0.000695715128482	-0.0409494803017	0.344135571636	-0.262605630197	-0.103918404702	0.346183660724	-0.00165247229993	-0.0453815998968	0.283794017167	0.0659934351735	0.320367190453	2.04772005799	203.096299164	16.2166048042
6	2.09110427458	0.386402148413	-0.839625971336	1.53485833148	-0.0169691809806	1.38735636157	-0.0404713874405	-0.147890185761	-0.106041443422	0.0634385194506	-0.0945435228192	-0.277470014622	0.0416492443879	0.240728627787	0.153945347923	0.461240419157	0.0390798875089	-0.0336060253984	0.329092118411	0.0563614462991	0.302982018688	41.1223324653	277.442938411	38.3700094039
7	3.02656320718	-0.986036444235	-1.90222318236	2.79030073586	-0.0982593601734	4.60498145437	-0.14554661912	-0.0377588665116	-0.301597903965	0.631770323955	-0.0414500420826	0.84898439684	-0.0382816133992	-0.664213247655	0.1783300483	0.587469171717	-0.00846211953227	0.165983291112	0.446173032915	-0.0703622178181	0.510271009073	5.6047674773	273.543540355	65.1375299385
8	6.51471038721	0.147500035056	1.17167877119	9.92714472723	1.65356544272	5.2251327022	-0.189500036396	0.223968454637	-0.157121217888	-0.250082954398	0.236221740158	0.724700439647	0.446055805894	-0.35404152466	-0.099897087439	0.40187425033	-0.0383772077802	-0.0119535952259	0.260295417959	0.0858749664053	0.259074462544	7.84159862848	269.176907262	23.5547718991
9	2.21274580621	-0.803687707689	1.25392909509	0.5885726279	-0.239032616238	0.82271065756	-0.147356754669	0.00170090853857	0.0582899743115	-0.159870395178	-0.0555289471566	0.0719051189773	-0.115837787052	0.0845489935253	0.210682166841	0.496543063838	-0.0166447791849	0.00702372556038	0.230774099187	-0.00986841922567	0.294581025177	18.3405053743	268.000082337	28.3468164782
10	6.48843361981	-1.72690107335	-4.57662895841	4.58346962327	3.31536909925	9.80982661565	-0.0806729213153	0.745362468313	-0.441891584855	-0.748566143085	0.00419935381549	0.566900495124	0.553380799375	-0.784046935539	0.0843904817141	0.747203216821	-0.0882844319928	-0.225665401758	0.440467677756	0.0420785805955	0.408006972951	6.87442494642	273.575501921	10.7472732016
11	2.94572977544	1.59834672253	-0.229564252031	2.85785104012	-0.0415029306254	1.34571797591	-0.117863766185	0.468314224541	0.235238458432	-0.723320682918	0.104225700703	0.254814777729	-0.212438772655	-0.0694602302819	0.0290558520804	0.706373610012	-0.00308911619617	-0.0435607407463	0.358413599456	0.0117641303625	0.289152973113	17.9168550499	285.331254977	12.3075561869
12	4.37952509521	1.30263731116	-1.42502745288	2.73567176387	-0.439813852442	2.1464477835	-0.23238784651	0.535088905846	0.185565051165	-0.462576701412	0.319398088128	0.474891968901	-0.0722640670462	-0.356588819986	-0.0524284121102	0.613211209544	-0.0208323143615	-0.130986742311	0.352672810112	0.0651994410692	0.430142240672	10.1210055893	280.485769852	14.9205009013
13	2.03628018028	4.88779746951	-8.39451366483	4.73916704405	-4.24434576731	8.87871376439	0.735816214541	-0.0778151136232	0.620433639265	0.608915565867	-0.283017348738	0.686656942485	-1.07318154823	-0.260692470683	-0.459817652569	0.648121398945	0.061663464024	-0.02044058557	0.398175992518	-0.0160359962803	0.453374115179	11.9259927876	289.911922723	29.4818633682
14	2.03981547751	0.78930075897	-0.294868476271	3.44546960613	-0.573434059905	1.44241278157	0.312323270978	-0.204410600671	0.0198632454037	-0.024193001722	-0.231259478588	0.24042571971	-0.0831098657976	0.0480348992065	-0.0803012269566	0.50081109294	-0.0451988853688	-0.0229173743087	0.307261381503	0.0313867150505	0.258132544125	27.942837711	306.014895425	21.9938556637
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16	3.21416977922	0.871255763452	-1.08411368077	2.49812679779	-1.08619210426	2.90595288151	0.425362301831	-0.505149736072	0.384484514041	0.539158314123	-0.377433449496	-0.354646751593	-0.818074016014	0.851380067847	-0.0604758455072	0.72355497994	-0.205438701985	-0.0101623718781	0.474343487207	-0.0462207769503	0.40088351398	40.6767785001	323.221644532	20.2369446033
17	2.48791837424	-1.69011457958	0.39427889542	4.67758803221	-1.55709244226	1.81147246827	0.280763496652	0.169907182355	0.0790607288357	-0.312599360544	-0.411438881619	-0.513720212183	-0.16548745309	0.398631678218	0.176216573025	0.615126439231	-0.0725993546997	0.0535173261544	0.366500903803	0.0223094708231	0.387351270063	40.3576646173	315.539095985	8.99481427954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 46 through 250 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 251 through 336 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 337 through 491 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 47 through 272 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 273 through 491 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 47 through 315 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 316 through 491 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 47 through 83 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 84 through 128 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 129 through 166 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 167 through 217 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 218 through 250 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 251 through 272 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 273 through 336 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 337 through 402 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 403 through 454 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 455 through 491 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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