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万見
- PDB-6k8i: Crystal structure of Arabidopsis thaliana CRY2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k8i
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana CRY2
要素Cryptochrome-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cryptochromes / BICs / inactivation
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide metabolic process / long-day photoperiodism, flowering / response to absence of light / response to strigolactone / regulation of meristem growth / regulation of leaf morphogenesis / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / positive regulation of flower development / regulation of photoperiodism, flowering ...flavin adenine dinucleotide metabolic process / long-day photoperiodism, flowering / response to absence of light / response to strigolactone / regulation of meristem growth / regulation of leaf morphogenesis / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / positive regulation of flower development / regulation of photoperiodism, flowering / regulation of flower development / blue light signaling pathway / phototropism / stomatal movement / response to blue light / blue light photoreceptor activity / response to water deprivation / plant-type vacuole / response to light stimulus / FAD binding / regulation of circadian rhythm / PML body / circadian rhythm / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / chromatin organization / defense response to virus / nuclear body / chromatin remodeling / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cryptochrome, plant / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase ...Cryptochrome, plant / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Cryptochrome-2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.697 Å
データ登録者Ma, L. / Wang, X. / Guan, Z. / Yin, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into BIC-mediated inactivation of Arabidopsis cryptochrome 2.
著者: Ma, L. / Wang, X. / Guan, Z. / Wang, L. / Wang, Y. / Zheng, L. / Gong, Z. / Shen, C. / Wang, J. / Zhang, D. / Liu, Z. / Yin, P.
履歴
登録2019年6月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome-2
B: Cryptochrome-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,7314
ポリマ－139,1602
非ポリマー1,5712
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area39000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.125, 160.372, 139.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Cryptochrome-2 / Atcry2 / Blue light photoreceptor / Protein PHR homolog 1 / AtPHH1 / Protein SUPPRESSOR OF elf3 20


分子量: 69579.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CRY2, PHH1, SEL20, At1g04400, F19P19.14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96524
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細These conflicts are derived from GenBank AAB04996.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MES, Potassium chloride, Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.697→50 Å / Num. obs: 38415 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.697→2.82 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4594 / CC1/2: 0.862 / Rpim(I) all: 0.308 / Rrim(I) all: 0.824 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.697→49.035 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 1948 5.08 %
Rwork0.1854 --
obs0.188 38364 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.697→49.035 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7472 0 106 22 7600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06810651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0845459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.697-2.76440.35461280.26672504X-RAY DIFFRACTION98
2.7644-2.83920.34311320.24892587X-RAY DIFFRACTION100
2.8392-2.92270.26961330.22782594X-RAY DIFFRACTION100
2.9227-3.0170.30721430.22862555X-RAY DIFFRACTION100
3.017-3.12480.29441420.21552584X-RAY DIFFRACTION100
3.1248-3.24990.26081570.20242578X-RAY DIFFRACTION100
3.2499-3.39780.2941290.19592585X-RAY DIFFRACTION100
3.3978-3.57690.25951420.19292579X-RAY DIFFRACTION100
3.5769-3.80090.26751370.18112601X-RAY DIFFRACTION100
3.8009-4.09430.1981430.16252615X-RAY DIFFRACTION100
4.0943-4.5060.21761300.15282613X-RAY DIFFRACTION100
4.506-5.15750.20051480.16512624X-RAY DIFFRACTION100
5.1575-6.49550.23371360.19172653X-RAY DIFFRACTION100
6.4955-49.04320.19211480.18052744X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.7484 Å / Origin y: -18.2714 Å / Origin z: 16.2683 Å
111213212223313233
T0.5056 Å2-0.0087 Å2-0.0129 Å2-0.353 Å20.0476 Å2--0.3816 Å2
L0.2272 °2-0.0365 °2-0.0236 °2-0.7412 °20.285 °2--1.0122 °2
S0.0117 Å °-0.0868 Å °-0.1172 Å °0.2503 Å °0.0339 Å °0.0422 Å °0.3185 Å °-0.0298 Å °-0.0429 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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