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- PDB-6k6s: Structure of RNase J1 from Staphylococcus epidermidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k6s
タイトルStructure of RNase J1 from Staphylococcus epidermidis
要素Ribonuclease J 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ribonuclease / RNase J1
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease J, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0036 signature. / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J, beta-CASP domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain ...Ribonuclease J, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0036 signature. / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J, beta-CASP domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribonuclease J 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.993 Å
データ登録者Raj, R. / Gopal, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure of RNase J1 from Staphylococcus epidermidis
著者: Raj, R. / Gopal, B.
履歴
登録2019年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease J 1
B: Ribonuclease J 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,7196
ポリマ－127,4992
非ポリマー2204
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area36580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)86.068, 86.068, 486.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細Dimer in solution

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease J 1 / RNase J1


分子量: 63749.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 12228 / 遺伝子: rnj1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8CT16, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 10mM Citric acid, 70mM Bis-Tris propane pH 9.3, 20% PEG 3350, 0.1M spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→50.581 Å / Num. obs: 21554 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.99→3.17 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3405 / CC1/2: 0.764 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.993→50.581 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3374 958 4.99 %
Rwork0.2966 --
obs0.2987 19203 83.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.993→50.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5833 0 4 0 5837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8688225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4061842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031974
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041120
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.993-3.15080.41241370.37522891X-RAY DIFFRACTION96
3.1508-3.34820.39931510.37422897X-RAY DIFFRACTION96
3.3482-3.60660.46331100.38352172X-RAY DIFFRACTION71
3.6066-3.96940.3914540.37991264X-RAY DIFFRACTION41
3.9694-4.54350.37411620.29042941X-RAY DIFFRACTION95
4.5435-5.72310.30741580.27352959X-RAY DIFFRACTION94
5.7231-50.85780.29571860.26413121X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16020.832-0.27373.6762-0.33341.2330.232-0.2263-0.349-0.6548-0.3029-0.1261-0.42420.2179-0.14280.8095-0.4056-0.110.52750.61640.8849-9.5879-17.9097-26.9132
20.90890.53830.11861.53840.18252.73210.0752-0.1416-0.12150.0771-0.13270.1077-0.1685-0.05490.05660.48290.287-0.00170.82590.32510.6686-12.9022-33.5121-17.6399
31.9873-0.10261.06952.08711.21051.85740.26410.90110.1744-0.0322-0.113-0.53210.3019-0.3762-0.13340.8262-0.3045-0.08531.10150.27640.7696-59.2477-43.2177-32.6568
41.22710.20160.55660.15370.12470.23080.18360.4707-0.2156-0.02940.35720.82260.1138-1.18310.10420.3132-0.38720.14851.50140.38830.9511-66.6679-40.9005-22.2738
51.16550.372-0.02630.729-0.12391.17060.22840.28021.3320.2637-0.60920.3409-0.3096-0.571-0.51040.2998-0.7360.35391.00370.77940.5774-53.625-42.5618-11.9782
62.00141.07370.03761.6095-0.29181.3244-0.2077-0.1990.20290.03670.3710.5126-0.5462-0.5457-0.14330.59040.08210.10170.69870.0790.6066-55.5409-18.5934-16.3035
74.1793-1.73230.20615.4093-0.09781.98010.30880.6466-0.8875-0.7224-0.3137-1.2945-0.290.20490.13850.78240.1468-0.12680.73690.14920.8911-41.5586-16.2315-22.0959
81.10260.4214-0.35641.0721-0.13261.2277-0.269-0.0843-0.048-0.25690.1107-0.43320.67450.43240.07950.6658-0.028-0.00130.86990.28850.6111-48.3561-52.0635-21.6727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 63 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 64 through 446 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 5 through 110 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 111 through 147 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 148 through 221 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 222 through 281 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 282 through 361 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 362 through 445 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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