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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6k6s | ||||||
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Title | Structure of RNase J1 from Staphylococcus epidermidis | ||||||
![]() | Ribonuclease J 1 | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() 5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / rRNA processing / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Raj, R. / Gopal, B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of RNase J1 from Staphylococcus epidermidis Authors: Raj, R. / Gopal, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 315.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 260.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 450.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 467 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | Dimer in solution |
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Components
#1: Protein | Mass: 63749.734 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 12228 / Gene: rnj1 / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q8CT16, ![]() #2: Chemical | ChemComp-MN / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.74 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: microbatch Details: 10mM Citric acid, 70mM Bis-Tris propane pH 9.3, 20% PEG 3350, 0.1M spermine tetrahydrochloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Mar 28, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.99→50.581 Å / Num. obs: 21554 / % possible obs: 95.4 % / Redundancy: 6.2 % / CC1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 19.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.99→3.17 Å / Redundancy: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3405 / CC1/2: 0.764 / % possible all: 96.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.993→50.581 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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