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- PDB-6k63: The crystal structure of cytidine deaminase from Klebsiella pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k63
タイトルThe crystal structure of cytidine deaminase from Klebsiella pneumoniae
要素Cytidine deaminase
キーワードHYDROLASE / Klebsiella pneumoniae / cytidine deaminase / CDA
機能・相同性
機能・相同性情報


cytidine deaminase / : / cytidine deaminase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytidine deaminase, bacteria / Cytidine deaminase, homodimeric / Cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain ...Cytidine deaminase, bacteria / Cytidine deaminase, homodimeric / Cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Cytidine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.073 Å
データ登録者Liu, W. / Shang, F. / Lan, J. / Chen, Y. / Wang, L. / Xu, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31200556 中国
National Natural Science Foundation of China21272031 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Biochemical and structural analysis of the Klebsiella pneumoniae cytidine deaminase CDA.
著者: Liu, W. / Shang, F. / Chen, Y. / Lan, J. / Wang, L. / Chen, J. / Gao, P. / Ha, N.C. / Quan, C. / Nam, K.H. / Xu, Y.
履歴
登録2019年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,35020
ポリマ－126,0314
非ポリマー1,31916
水23,2571291
1
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,67510
ポリマ－63,0152
非ポリマー6598
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area20980 Å2
手法PISA
2
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,67510
ポリマ－63,0152
非ポリマー6598
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.748, 151.748, 120.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Cytidine deaminase / Cytidine aminohydrolase / CDA


分子量: 31507.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌)
株: MGH 78578 / 遺伝子: cdd / プラスミド: pPROEX-HTA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6TBN1, cytidine deaminase
#2: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M HEPES(pH 5.5) 1.72 M Ammonium sulfate 7% v/v 1,4-Dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.979617 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979617 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 96550 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 2.07→2.11 Å / 冗長度: 11.6 % / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 9 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ctu

1ctu


解像度: 2.073→45.904 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.35 / 位相誤差: 20.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2228 2010 2.1 %
Rwork0.1748 --
obs0.1758 95502 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.073→45.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8804 0 76 1298 10178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80212540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.5057374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061659
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0728-2.12470.23371330.16656232X-RAY DIFFRACTION93
2.1247-2.18210.24941440.17166543X-RAY DIFFRACTION97
2.1821-2.24630.23881390.17356506X-RAY DIFFRACTION97
2.2463-2.31880.24441390.17296569X-RAY DIFFRACTION98
2.3188-2.40170.21781440.17546648X-RAY DIFFRACTION99
2.4017-2.49780.22641390.17126641X-RAY DIFFRACTION99
2.4978-2.61150.24931470.17776706X-RAY DIFFRACTION99
2.6115-2.74920.23181430.17796704X-RAY DIFFRACTION100
2.7492-2.92140.24131440.18696741X-RAY DIFFRACTION100
2.9214-3.14690.21531430.18636737X-RAY DIFFRACTION100
3.1469-3.46350.24051450.17136789X-RAY DIFFRACTION100
3.4635-3.96440.19911500.1626799X-RAY DIFFRACTION100
3.9644-4.99380.19841460.15886844X-RAY DIFFRACTION100
4.9938-45.91470.21561540.19877033X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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