PDB-6k5v: Structure of CSY4 Apo-form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k5v

タイトル

Structure of CSY4 Apo-form

要素

Citrate synthase 4, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / Citrate synthase / mitochondrial / plant / CSY4

機能・相同性

機能・相同性情報

citrate synthase (unknown stereospecificity) / citrate (Si)-synthase activity / plant-type cell wall / citrate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / chloroplast / mitochondrial matrix / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Nishio, K. / Mizushima, T.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical characterization of mitochondrial citrate synthase 4 from Arabidopsis thaliana.
著者: Nishio, K. / Mizushima, T.

履歴

登録	2019年5月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k5v.cif.gz	612.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k5v.ent.gz	409.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k5v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6k5v_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6k5v_full_validation.pdf.gz	506.8 KB	表示
XML形式データ	6k5v_validation.xml.gz	84.1 KB	表示
CIF形式データ	6k5v_validation.cif.gz	112.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/6k5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/6k5v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3enjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uqs-d 4x0p-2 5uzr-d 5uzp-d 3e30-d 5uqq-3 6bop-1 1sa5-d 4x0p-1 6kmz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Citrate synthase 4, mitochondrial

B: Citrate synthase 4, mitochondrial

C: Citrate synthase 4, mitochondrial

D: Citrate synthase 4, mitochondrial

E: Citrate synthase 4, mitochondrial

F: Citrate synthase 4, mitochondrial

ヘテロ分子

306 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Citrate synthase 4, mitochondrial

B: Citrate synthase 4, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Citrate synthase 4, mitochondrial

D: Citrate synthase 4, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Citrate synthase 4, mitochondrial

F: Citrate synthase 4, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.350, 67.938, 317.823
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.859, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Auth seq-ID: 39 - 468 / Label seq-ID: 23 - 452

Dom-ID	Component-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	(chain 'A' and resid 39 through 468)	A	A
2	2	chain 'B'	B	B
3	3	(chain 'C' and resid 39 through 468)	C	C
4	4	chain 'D'	D	D
5	5	chain 'E'	E	E
6	6	(chain 'F' and resid 39 through 468)	F	F

#1: タンパク質	Citrate synthase 4, mitochondrial 分子量: 50898.965 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: CSY4, At2g44350, F4I1.16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P20115, citrate synthase (unknown stereospecificity)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 85mM MES pH 6.5, 10%(w/v) PEG 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→46.85 Å / Num. obs: 79616 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 51.4 Å² / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/av σ(I): 12.4 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.69→2.78 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 7728 / R_pim(I) all: 0.237 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ENJ

3enj

解像度: 2.69→46.85 Å / SU ML: 0.3934 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.1648

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2607	4001	5.03 %
R_work	0.2271	-	-
obs	0.2287	79529	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→46.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20278	0	6	103	20387

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	20758
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5986	28186
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0405	3128
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3622
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.2324	7686

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.69-2.73	0.3306	138	0.2801	2470	X-RAY DIFFRACTION	93.34
2.73-2.76	0.3667	146	0.2904	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.76-2.79	0.3496	119	0.2886	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.83	0.338	141	0.2832	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.87	0.3502	128	0.2678	2557	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.87-2.91	0.3198	158	0.2663	2553	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.91-2.95	0.291	148	0.2649	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.95-3	0.347	120	0.281	2552	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3-3.05	0.327	126	0.2655	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.05-3.1	0.3039	150	0.2686	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.1-3.16	0.3302	133	0.2627	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.16-3.22	0.3038	148	0.2564	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.22-3.28	0.2852	137	0.2541	2553	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.28-3.36	0.2956	136	0.2571	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.36-3.43	0.3126	141	0.254	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.43-3.52	0.2765	137	0.2536	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.52-3.61	0.2714	139	0.2481	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.62-3.72	0.3585	127	0.2985	2435	X-RAY DIFFRACTION	94.36
3.72-3.84	0.2168	139	0.223	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.84-3.98	0.2188	135	0.217	2585	X-RAY DIFFRACTION	98.66
3.98-4.14	0.2371	136	0.2038	2560	X-RAY DIFFRACTION	99.23
4.14-4.33	0.2212	137	0.1977	2622	X-RAY DIFFRACTION	98.82
4.33-4.55	0.2317	138	0.1957	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.15
4.55-4.84	0.2547	145	0.1873	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.49
4.84-5.21	0.2331	140	0.1985	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.82
5.21-5.74	0.2719	139	0.2179	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.71
5.74-6.56	0.2305	141	0.2175	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.61
6.56-8.26	0.231	138	0.2092	2671	X-RAY DIFFRACTION	98.6
8.26-46.85	0.1876	141	0.1818	2663	X-RAY DIFFRACTION	95.7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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