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- PDB-6k5j: Structure of a glycoside hydrolase family 3 beta-N-acetylglucosam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k5j
タイトルStructure of a glycoside hydrolase family 3 beta-N-acetylglucosaminidase from Paenibacillus sp. str. FPU-7
要素GH3 beta-N-acetylglucosaminidase
キーワードHYDROLASE / glucosidase
機能・相同性Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Paenibacillaceae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.903 Å
データ登録者Itoh, T. / Araki, T. / Nishiyama, T. / Hibi, T. / Kimoto, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science16K08114, 19K06340 日本
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional characterization of a glycoside hydrolase family 3 beta-N-acetylglucosaminidase from Paenibacillus sp. str. FPU-7.
著者: Itoh, T. / Araki, T. / Nishiyama, T. / Hibi, T. / Kimoto, H.
履歴
登録2019年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH3 beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3643
ポリマ－57,0501
非ポリマー3132
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.230, 84.230, 157.805
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 GH3 beta-N-acetylglucosaminidase


分子量: 57050.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paenibacillaceae (バクテリア) / Variant: FPU-7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細The N-teminal residues, Met1-Lys9, are missing. MNHKVHHHHHHIEGRHMELGTLEGS at N-teminus derived from ...The N-teminal residues, Met1-Lys9, are missing. MNHKVHHHHHHIEGRHMELGTLEGS at N-teminus derived from pCold I vector are also missing. Cys269 is oxidized to sulfinic acid (CSD).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% (w/v) PEG8000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.5 Å / Num. obs: 45405 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 32.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.967 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 2994 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BMX

3bmx


解像度: 1.903→44.616 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 2270 5.01 %
Rwork0.1615 --
obs0.1636 45304 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.74 Å2 / Biso mean: 27.1618 Å2 / Biso min: 14.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.903→44.616 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3942 0 21 448 4411
Biso mean--24.78 35.79 -
残基数----526
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9031-1.94440.26571240.207226532777100
1.9444-1.98970.24071570.191626152772100
1.9897-2.03940.19631270.174826442771100
2.0394-2.09460.20971440.173926452789100
2.0946-2.15620.23561210.160526832804100
2.1562-2.22580.20161300.16226552785100
2.2258-2.30540.20881680.156226172785100
2.3054-2.39770.18191260.161326772803100
2.3977-2.50680.19461280.154426932821100
2.5068-2.63890.18091570.159426672824100
2.6389-2.80420.20381550.159526662821100
2.8042-3.02070.19751330.168626962829100
3.0207-3.32460.2651290.16327282857100
3.3246-3.80540.17581600.148227192879100
3.8054-4.79360.19331370.136927662903100
4.7936-44.62840.21041740.18392910308499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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