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- PDB-6k54: Hyperthermophilic GH6 cellobiohydrolase II (HmCel6A) in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k54
タイトルHyperthermophilic GH6 cellobiohydrolase II (HmCel6A) in complex with trisaccharide
要素GH6 cellobiohydrolase, HMCEL6A
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / GH6 / thermostable
機能・相同性1, 4-beta cellobiohydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / beta-cellotriose / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.905 Å
データ登録者Baba, S. / Takeda, M. / Okuma, J. / Hirose, Y. / Nishimura, A. / Takata, M. / Oda, K. / Shibata, D. / Kondo, Y. / Kumasaka, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Novel hyperthermophilic cellobiohydrolase II isolated from hot spring microbial community
著者: Takeda, M. / Baba, S. / Okuma, J. / Hirose, Y. / Nishimura, A. / Takata, M. / Oda, K. / Shibata, D. / Kondo, Y. / Kumasaka, T.
履歴
登録2019年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH6 cellobiohydrolase, HMCEL6A
B: GH6 cellobiohydrolase, HMCEL6A
C: GH6 cellobiohydrolase, HMCEL6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,54326
ポリマ－140,6953
非ポリマー3,84823
水27,9591552
1
A: GH6 cellobiohydrolase, HMCEL6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,00411
ポリマ－46,8981
非ポリマー2,10610
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16080 Å2
手法PISA
2
B: GH6 cellobiohydrolase, HMCEL6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8118
ポリマ－46,8981
非ポリマー9137
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
3
C: GH6 cellobiohydrolase, HMCEL6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7277
ポリマ－46,8981
非ポリマー8296
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.582, 138.699, 110.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-718-

HOH

21B-1098-

HOH

31C-874-

HOH

41C-999-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GH6 cellobiohydrolase, HMCEL6A


分子量: 46898.242 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotriose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 1571分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細FIRST MET IS INITIATING METHIONINE. THIS DNA SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED TO DDBJ WITH A ...FIRST MET IS INITIATING METHIONINE. THIS DNA SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED TO DDBJ WITH A LOCUS/ACCESSION NUMBER OF LC163906.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% (w/v) PEG1000, 0.2M calcium acetate, 0.1M imidazole (pH 8.0), 0.5mM cellotriose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月29日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.905→35.944 Å / Num. obs: 194529 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 21.72 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1267 / Rpim(I) all: 0.05279 / Rrim(I) all: 0.1375 / Net I/σ(I): 17.78
反射 シェル解像度: 1.905→1.973 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 109980 / CC1/2: 0.716 / Rpim(I) all: 0.4462 / % possible all: 94.47

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6K52

6k52


解像度: 1.905→35.944 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2009 9732 5.01 %
Rwork0.1756 --
obs0.1769 194298 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.905→35.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9927 0 249 1552 11728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85814382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7143924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051917
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9049-1.92660.32972760.31235144X-RAY DIFFRACTION83
1.9266-1.94920.30553080.28176167X-RAY DIFFRACTION100
1.9492-1.9730.29093280.26156162X-RAY DIFFRACTION100
1.973-1.9980.26543140.24136178X-RAY DIFFRACTION100
1.998-2.02420.25623390.22996134X-RAY DIFFRACTION100
2.0242-2.0520.25883390.22426162X-RAY DIFFRACTION100
2.052-2.08130.25213200.22086204X-RAY DIFFRACTION100
2.0813-2.11230.25243350.22656145X-RAY DIFFRACTION100
2.1123-2.14540.27043450.21646114X-RAY DIFFRACTION100
2.1454-2.18050.2263060.20356200X-RAY DIFFRACTION100
2.1805-2.21810.23613110.20386226X-RAY DIFFRACTION100
2.2181-2.25840.24323210.20536160X-RAY DIFFRACTION100
2.2584-2.30190.21593190.2026198X-RAY DIFFRACTION100
2.3019-2.34890.24933450.20536132X-RAY DIFFRACTION100
2.3489-2.39990.23513240.20756187X-RAY DIFFRACTION100
2.3999-2.45570.24023140.19426166X-RAY DIFFRACTION100
2.4557-2.51710.21743080.18946201X-RAY DIFFRACTION100
2.5171-2.58520.21133450.19336173X-RAY DIFFRACTION100
2.5852-2.66120.22443470.19196141X-RAY DIFFRACTION100
2.6612-2.74710.24153230.19686220X-RAY DIFFRACTION100
2.7471-2.84520.22793480.18966147X-RAY DIFFRACTION100
2.8452-2.95910.24242970.19146201X-RAY DIFFRACTION100
2.9591-3.09370.20893270.18846160X-RAY DIFFRACTION100
3.0937-3.25670.22253180.17486234X-RAY DIFFRACTION100
3.2567-3.46060.17873390.15956201X-RAY DIFFRACTION100
3.4606-3.72750.16693180.14316226X-RAY DIFFRACTION100
3.7275-4.10220.14033100.12786252X-RAY DIFFRACTION100
4.1022-4.69470.13613410.11726172X-RAY DIFFRACTION100
4.6947-5.91050.14143330.1296259X-RAY DIFFRACTION100
5.9105-35.94990.13963340.13796300X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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