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- PDB-6k4z: Single-chain Fv antibody of C6 COMPLEXED WITH 2-(4-HYDROXY-3-NITR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k4z
タイトルSingle-chain Fv antibody of C6 COMPLEXED WITH 2-(4-HYDROXY-3-NITROPHENYL)ACETIC ACID
要素scFv of C6
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen binding / affinity maturation / Somatic hypermutation / conformational change
機能・相同性2-(4-HYDROXY-3-NITROPHENYL)ACETIC ACID
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Nishiguchi, A. / Numoto, N. / Ito, N. / Azuma, T. / Oda, M.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2019
タイトル: Three-dimensional structure of a high affinity anti-(4-hydroxy-3-nitrophenyl)acetyl antibody possessing a glycine residue at position 95 of the heavy chain.
著者: Nishiguchi, A. / Numoto, N. / Ito, N. / Azuma, T. / Oda, M.
履歴
登録2019年5月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv of C6
B: scFv of C6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8166
ポリマ－52,2342
非ポリマー5824
水9,764542
1
A: scFv of C6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5024
ポリマ－26,1171
非ポリマー3853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
2
B: scFv of C6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3142
ポリマ－26,1171
非ポリマー1971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.393, 46.779, 74.581
Angle α, β, γ (deg.)88.235, 103.780, 111.984
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: 抗体 scFv of C6


分子量: 26116.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of expression tags (residues -2-0), the light chain (residues 1-108), linker GGGGSGGGGSGGGGS (residues 501-515), and the heavy chain (residues 1001-1113)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET-32TH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): codon plus
#2: 化合物 ChemComp-NPA / 2-(4-HYDROXY-3-NITROPHENYL)ACETIC ACID


分子量: 197.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.14 M Lithium sulfate monohydrate, 0.07 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 21% w/v Polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月12日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 52628 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 17.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 3.5 % / Num. unique obs: 8339 / CC1/2: 0.716 / Rsym value: 0.586 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ET9

3et9


解像度: 1.65→43.29 Å / SU ML: 0.173 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.1576
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1956 2600 4.94 %
Rwork0.1674 --
obs0.1689 52622 96.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→43.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3486 0 39 542 4067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00683642
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8654978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.10732118
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.680.29881310.26742555X-RAY DIFFRACTION93.59
1.68-1.710.2861160.2562638X-RAY DIFFRACTION94.48
1.71-1.750.28491320.24142566X-RAY DIFFRACTION94.2
1.75-1.790.25711430.22772615X-RAY DIFFRACTION94.45
1.79-1.830.27231160.21842528X-RAY DIFFRACTION94.26
1.83-1.870.26381460.20622638X-RAY DIFFRACTION95.38
1.87-1.920.23871430.19732581X-RAY DIFFRACTION95.28
1.92-1.980.21491260.182649X-RAY DIFFRACTION95.69
1.98-2.040.20241370.16382598X-RAY DIFFRACTION95.76
2.04-2.120.18671410.16072659X-RAY DIFFRACTION96.62
2.12-2.20.18851260.16052647X-RAY DIFFRACTION96.65
2.2-2.30.23951390.16952627X-RAY DIFFRACTION96.98
2.3-2.420.22581470.17072670X-RAY DIFFRACTION97.24
2.42-2.570.20941440.17122652X-RAY DIFFRACTION97.46
2.57-2.770.17251370.16772684X-RAY DIFFRACTION97.82
2.77-3.050.21141400.16582669X-RAY DIFFRACTION98.11
3.05-3.490.14811460.15042685X-RAY DIFFRACTION98.13
3.49-4.40.15951540.13152685X-RAY DIFFRACTION98.44
4.4-43.30.16751360.15112676X-RAY DIFFRACTION97.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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