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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k4t | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SMB-1 metallo-beta-lactamase in a complex with TSA | ||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / metallo-beta-lactamase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wachino, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 4-Amino-2-Sulfanylbenzoic Acid as a Potent Subclass B3 Metallo-beta-Lactamase-Specific Inhibitor Applicable for Distinguishing Metallo-beta-Lactamase Subclasses. 著者: Wachino, J. / Kanechi, R. / Nishino, E. / Mochizuki, M. / Jin, W. / Kimura, K. / Kurosaki, H. / Arakawa, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 793.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 793.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 27754.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 438分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/JKE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/JKE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-JKE / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 20% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.39→40.61 Å / Num. obs: 42083 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 16.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.47 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Num. unique obs: 5988 / % possible all: 87.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5B1U 解像度: 1.39→19.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 0.756 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.343 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.39→19.66 Å
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拘束条件 |
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