PDB-6k4m: Cryo-EM structure of Holo-bacterioferritin form-II from Streptomy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k4m

タイトル

Cryo-EM structure of Holo-bacterioferritin form-II from Streptomyces coelicolor

要素

Bacterioferritin

キーワード

METAL TRANSPORT / Ferritin / Nanocage / Bacterioferritin

機能・相同性

機能・相同性情報

ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å

データ登録者

Jobichen, C. / Sivaraman, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Bacterioferritin from Streptomyces coelicolor
著者: Jobichen, C. / Sivaraman, J.

履歴

登録	2019年5月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-9915 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-9915 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k4m.cif.gz	670.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k4m.ent.gz	570.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k4m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6k4m_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6k4m_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6k4m_validation.xml.gz	107.5 KB	表示
CIF形式データ	6k4m_validation.cif.gz	152.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/6k4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/6k4m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9915MC 9910C 9913C 6k3oC 6k43C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	6k3o-d 6k43-d 9910 2wtl-1 2x17-d 6a4u-1 4iwk-1 5xx9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (7) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (7)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#114 - 2009年6月
ヴォールト (Vaults)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

I: Bacterioferritin

J: Bacterioferritin

K: Bacterioferritin

L: Bacterioferritin

M: Bacterioferritin

N: Bacterioferritin

O: Bacterioferritin

P: Bacterioferritin

Q: Bacterioferritin

R: Bacterioferritin

S: Bacterioferritin

T: Bacterioferritin

U: Bacterioferritin

V: Bacterioferritin

W: Bacterioferritin

X: Bacterioferritin

ヘテロ分子

471 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

#1: タンパク質	... Bacterioferritin / BFR 分子量: 19242.629 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' / 参照: UniProt: Q9S2N0, ferroxidase
#2: 化合物	... ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Bacterioferritin in complex with HEME and IRON / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.5 MDa / 実験値: YES
由来(天然)	生物種: Streptomyces coelicolor (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株: 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG'
緩衝液	pH: 7
試料	濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: This sample was monodisperse with 24mer nanocage assemblies.
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / C2レンズ絞り径: 2.7 µm
撮影	電子線照射量: 1.6 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
4	cisTEM	CTF補正
7	PHENIX	モデルフィッティング
9	cisTEM	初期オイラー角割当
10	cisTEM	最終オイラー角割当
12	cisTEM	３次元再構成
13	PHENIX	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: O (正8面体型対称)

3次元再構成

解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13793 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT

原子モデル構築

PDB-ID: 5XX9

5xx9

Accession code: 5XX9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	32100
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.901	43500
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.61	19180
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.045	4829
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	5615

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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