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万見
- PDB-6k32: RdRp complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k32
タイトルRdRp complex
要素
  • (VP1) x 3
  • RNA (5'-D(*(3PO))-R(*AP*G)-3'
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*U)-3')
  • RNA-dependent RNA polymerase
  • Viral structural protein 4
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / Cypovirus / Transcription / RNA-dependent RNA polymerase / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / CPV, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / CPV, RNA-directed RNA polymerase, central polymerase domain / CPV, RNA-directed RNA polymerase, C-terminal / : / CPV Capsid shell protein VP1, small protrusion domain / : / Inner layer core protein VP1-like, C-terminal / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-O-methyladenosine 5'-(dihydrogen phosphate) / DIPHOSPHATE / 7-METHYLGUANOSINE / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / RNA / Viral structural protein 4 / RNA-dependent RNA polymerase / VP1 / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li, X.W.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of RdRps Within a Transcribing dsRNA Virus Provides Insights Into the Mechanisms of RNA Synthesis.
著者: Xiaowu Li / Li Wang / Xurong Wang / Wenyuan Chen / Tao Yang / Jingdong Song / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng /
要旨: RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) catalyze RNA synthesis of RNA viruses. During initiation of RNA synthesis, the RdRp catalyzes the formation of the first dinucleotide, acting as primer for ...RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) catalyze RNA synthesis of RNA viruses. During initiation of RNA synthesis, the RdRp catalyzes the formation of the first dinucleotide, acting as primer for subsequent processive RNA elongation. Here, we present the structure of the RdRp complexes in the dinucleotide primed state in situ within a transcribing cypovirus under near physiological conditions using cryo-electron microscopy. The 3' end of RNA templates, paired RNA dinucleotide primer, incoming nucleotide, and catalytic divalent cations in the RdRp were resolved at 3.8 Å resolution. The end of the RNA template and the dinucleotide is buttressed by the aromatic tyrosine in a loop from the RdRp bracelet domain. Our structure reveals the interactions between the nucleotide substrates and the conserved residues during the RdRp initiation, and the coordinated structural changes preceding the elongation stage. In addition, it provides the direct evidence for existence of the slow step of the dinucleotide primed state in the viral RdRp transcription.
履歴
登録2019年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9907
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9907
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: Viral structural protein 4
t: RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*U)-3')
p: RNA (5'-D(*(3PO))-R(*AP*G)-3'
C: VP1
D: VP1
E: VP1
F: VP1
G: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)883,38115
ポリマ－882,0159
非ポリマー1,3666
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area35380 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area308180 Å2

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要素

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タンパク質 , 5種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase / VP2


分子量: 137058.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
発現宿主: invertebrate environmental sample (環境試料)
参照: UniProt: D0EZK6
#2: タンパク質 Viral structural protein 4 / VP4


分子量: 63379.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cypovirus 1 (サポウイルス 1) / 遺伝子: VP4
発現宿主: invertebrate environmental sample (環境試料)
参照: UniProt: C7EWL9
#5: タンパク質 VP1


分子量: 136769.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
発現宿主: invertebrate environmental sample (環境試料)
参照: UniProt: D3JWE6, UniProt: Q6TS43*PLUS
#6: タンパク質 VP1


分子量: 135002.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
発現宿主: invertebrate environmental sample (環境試料)
参照: UniProt: D3JWE6, UniProt: Q6TS43*PLUS
#7: タンパク質 VP1


分子量: 137422.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
発現宿主: invertebrate environmental sample (環境試料)
参照: UniProt: D3JWE6, UniProt: Q6TS43*PLUS

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RNA鎖 , 2種, 2分子 tp

#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*AP*CP*U)-3')


分子量: 1507.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
発現宿主: invertebrate environmental sample (環境試料)
#4: RNA鎖 RNA (5'-D(*(3PO))-R(*AP*G)-3'


分子量: 869.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cypovirus 1 (サポウイルス 1)
発現宿主: invertebrate environmental sample (環境試料)

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非ポリマー , 5種, 6分子

#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-MG7 / 7-METHYLGUANOSINE / N7-メチルグアノシン


分子量: 298.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N5O5
#10: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2
#11: 化合物 ChemComp-A2M / 2'-O-methyladenosine 5'-(dihydrogen phosphate)


タイプ: RNA linking / 分子量: 361.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N5O7P
#12: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cypovirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Cypovirus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100000 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.2 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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