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万見
- PDB-6k2n: Structural basis of glycan recognition in globally predominant hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k2n
タイトルStructural basis of glycan recognition in globally predominant human P[8] rotavirus
要素Outer capsid protein VP4
キーワードVIRAL PROTEIN / glycan binding specificity / VP8* structure / mucin core 2 / lacto-N-fucopentaose 1 (LNFP1)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Duan, Z. / Sun, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)no.2018ZA10711-001 and no.2017ZX10104001 中国
引用ジャーナル: Virol Sin / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Glycan Recognition in Globally Predominant Human P[8] Rotavirus.
著者: Sun, X. / Dang, L. / Li, D. / Qi, J. / Wang, M. / Chai, W. / Zhang, Q. / Wang, H. / Bai, R. / Tan, M. / Duan, Z.
履歴
登録2019年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年5月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP4
B: Outer capsid protein VP4
C: Outer capsid protein VP4
D: Outer capsid protein VP4
E: Outer capsid protein VP4
F: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,0978
ポリマ－110,9246
非ポリマー1,1732
水14,070781
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8760 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area39650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.289, 114.550, 73.789
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Outer capsid protein VP4


分子量: 18487.377 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 64-223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus A (ロタウイルス A)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: E2EA82
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3[DGlcpNAcb1-6]DGalpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 781 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5, 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 99560 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 18.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 21.597
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 99560

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JDB

5jdb


解像度: 1.8→46.695 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2288 4273 4.93 %
Rwork0.2024 --
obs0.2037 86599 85.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.4 Å2 / Biso mean: 24.8501 Å2 / Biso min: 6.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→46.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7848 0 80 781 8709
Biso mean--59.77 34.4 -
残基数----960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68911136
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3531220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7422942
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7999-1.82030.2677820.26381484156647
1.8203-1.84180.3294890.26331685177452
1.8418-1.86420.26851050.25071758186356
1.8642-1.88780.2918960.2451869196558
1.8878-1.91270.2741900.23421984207462
1.9127-1.93890.26031020.2462053215564
1.9389-1.96660.2821090.2412197230668
1.9666-1.99590.26161130.22912268238171
1.9959-2.02710.22971070.23162381248875
2.0271-2.06030.25531230.22592470259376
2.0603-2.09590.30181270.22522648277582
2.0959-2.1340.27451330.22132770290386
2.134-2.1750.26071450.22432820296589
2.175-2.21940.27891780.21942941311992
2.2194-2.26770.2921840.21743034321896
2.2677-2.32040.24241610.21543100326197
2.3204-2.37850.24961970.21823157335499
2.3785-2.44280.21551660.21553173333999
2.4428-2.51460.23591470.22283164331199
2.5146-2.59580.24051610.212532193380100
2.5958-2.68860.25941790.219531973376100
2.6886-2.79620.23561490.222832333382100
2.7962-2.92340.21661610.213832093370100
2.9234-3.07750.23051630.190232233386100
3.0775-3.27030.20181720.19473175334799
3.2703-3.52270.21311380.183732593397100
3.5227-3.87710.19481540.169732433397100
3.8771-4.43770.17951770.155832033380100
4.4377-5.58960.18841860.17183203338999
5.5896-46.71080.24171790.21873206338598
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.6553 Å / Origin y: 15.2505 Å / Origin z: -18.0265 Å
111213212223313233
T0.0984 Å2-0.0063 Å2-0.0005 Å2-0.0735 Å2-0.0013 Å2--0.0765 Å2
L0.5339 °2-0.0265 °2-0.0035 °2-0.0546 °20.0206 °2--0.0915 °2
S-0.0283 Å °-0.0145 Å °0.065 Å °0.0001 Å °0.0115 Å °0.0073 Å °-0.0111 Å °-0.0021 Å °-0.0145 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 160
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 603
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 160
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 603
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 160
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 160
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 781

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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