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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k22 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ca-bound human Annexin A5 in low salt condition | ||||||
要素 | Annexin A5アネキシンV | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Annexin A5 (アネキシンV) / phospholipid binding (リン脂質) / membrane repair / AnxA5 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipase inhibitor activity / endothelial microparticle / negative regulation of coagulation / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylserine binding / : / phospholipid binding / 筋鞘 / 凝固・線溶系 / Platelet degranulation ...phospholipase inhibitor activity / endothelial microparticle / negative regulation of coagulation / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylserine binding / : / phospholipid binding / 筋鞘 / 凝固・線溶系 / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / external side of plasma membrane / focal adhesion / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / シグナル伝達 / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.747 Å | ||||||
データ登録者 | Hong, S. / Ha, N.-C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020 タイトル: High-resolution structures of annexin A5 in a two-dimensional array. 著者: Hong, S. / Na, S. / Kim, O.H. / Jeong, S. / Oh, B.C. / Ha, N.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6k22.cif.gz | 76.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6k22.ent.gz | 55.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6k22.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/6k22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/6k22 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37419.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANXA5, ANX5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P08758 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Potassium Citrate Tribasic pH 8.3 0.1 M HEPES pH 7.5 17% PEG3350 50uM CaCl2 2mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.2325 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2325 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.747→50 Å / Num. obs: 9341 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 16.8 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 411 / CC1/2: 0.35 / Rpim(I) all: 0.134 / Rrim(I) all: 0.415 / % possible all: 87.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2XO3 解像度: 2.747→46.397 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.58 / 位相誤差: 28.41
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.747→46.397 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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