PDB-6k20: Structure of Apo YdiU

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k20

タイトル

Structure of Apo YdiU

要素

Protein adenylyltransferase SelO

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / nucleotidyltransferase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Li, B. / Yang, Y. / Ma, Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Apo-YdiU
著者: Li, B.

履歴

登録	2019年5月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k20.cif.gz	108.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k20.ent.gz	82 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k20.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6k20_validation.pdf.gz	424.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6k20_full_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示
XML形式データ	6k20_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	6k20_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/6k20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/6k20	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6lna-2 4dw4-d 5z0y-d 6eac-1 6eac-3 4knc-1 3zl8-d 6eac-2 6k0v-3 6iny-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein adenylyltransferase SelO

ヘテロ分子

54.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.526, 117.352, 147.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Protein adenylyltransferase SelO 分子量: 54480.004 Da / 分子数: 1 / 変異: C272S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ydiU 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A024L327, UniProt: P77649*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 10% peg200, 0.1M Bistris pH9.0, 18%PEG 8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→29.34 Å / Num. obs: 22642 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 2.58→2.69 Å / Num. unique obs: 2275

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.1_3469: ???)	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.58→27.891 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2193	1159	5.12 %
R_work	0.184	-	-
obs	0.1858	22620	93.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→27.891 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3737	0	1	161	3899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3832
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.666	5201
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.619	2264
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	550
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	685

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5764-2.6935	0.2521	106	0.2264	2217	X-RAY DIFFRACTION	78
2.6935-2.8354	0.2999	123	0.2232	2655	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8354-3.0129	0.2528	141	0.2207	2674	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0129-3.2452	0.2787	149	0.2196	2668	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2452-3.5711	0.2197	147	0.1998	2708	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5711-4.0865	0.2191	162	0.1667	2690	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0865-5.1433	0.1767	160	0.1503	2833	X-RAY DIFFRACTION	97
5.1433-27.8926	0.1929	171	0.1697	3016	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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