PDB-6k1w: Crystal structure of Rhodothermus marinus substrate-binding prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k1w

タイトル

Crystal structure of Rhodothermus marinus substrate-binding protein at pH 5.5

要素

ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / substrate binding protein / SBP / substrate binding domain

機能・相同性

ABC transporter, substrate-binding protein / ABC transporter substrate binding protein / ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodothermus marinus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Nam, K.H.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Rhodothermus marinus substrate-binding protein at pH 5.5
著者: Nam, K.H.

履歴

登録	2019年5月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k1w.cif.gz	47.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k1w.ent.gz	30.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k1w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6k1w_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6k1w_full_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示
XML形式データ	6k1w_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	6k1w_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/6k1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/6k1w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z6vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3nv4-d 4egs-3 3kcm-6 5duv-3 2dx6-1 3raz-d 1ytl-4 2322 5l2v-2 5ur9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.421, 48.613, 58.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein 分子量: 18394.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodothermus marinus (strain ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10) (バクテリア) 株: ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10 / 遺伝子: Rmar_2176 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0MDR1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein

分子量: 18394.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Rhodothermus marinus (strain ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10) (バクテリア)
株: ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10 / 遺伝子: Rmar_2176 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0MDR1

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.99 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: Magnesium chloride, BIS-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→39.29 Å / Num. obs: 21337 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 40.125
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 5.57 / Num. unique obs: 1064 / CC_1/2: 0.888 / R_pim(I) all: 0.17 / R_rim(I) all: 0.39 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Z6V

5z6v

解像度: 1.5→37.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 1.403 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.088
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2183	2007	9.5 %	RANDOM
R_work	0.1855	-	-	-
obs	0.1887	19186	97.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.55 Å² / B_iso mean: 22.614 Å² / B_iso min: 9.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→37.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1151	0	0	140	1291
B_iso mean	-	-	-	36.67	-
残基数	-	-	-	-	149

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	159	-
R_work	0.234	1407	-
all	-	1566	-
obs	-	-	99.3 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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