PDB-6k0p: Catalytic domain of GH87 alpha-1,3-glucanase D1045A in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k0p

タイトル

Catalytic domain of GH87 alpha-1,3-glucanase D1045A in complex with nigerose

要素

Alpha-1,3-glucanase

キーワード

HYDROLASE / GH87 alpha-1 / 3-glucanase / catalytic domain

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus glycanilyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.424 Å

データ登録者

Itoh, T. / Intuy, R. / Suyotha, W. / Hayashi, J. / Yano, S. / Makabe, K. / Wakayama, M. / Hibi, T.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into substrate recognition and catalysis by glycoside hydrolase family 87 alpha-1,3-glucanase from Paenibacillus glycanilyticus FH11.
著者: Itoh, T. / Intuy, R. / Suyotha, W. / Hayashi, J. / Yano, S. / Makabe, K. / Wakayama, M. / Hibi, T.

履歴

登録	2019年5月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k0p.cif.gz	149.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k0p.ent.gz	111.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k0p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6k0p_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6k0p_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6k0p_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	6k0p_validation.cif.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k0p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6k0mSC 6k0nC 6k0qC 6k0sC 6k0uC 6k0vC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2f2f-2 6k0q-d 5z2g-3 3aqc-1 6k0v-1 5osq-2 6k0u-d 5osq-1 6k0v-2 6k0v-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (3) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (2) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-1,3-glucanase

ヘテロ分子

63.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.525, 132.525, 76.147
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2704- HOH
2	1	A-2710- HOH
3	1	A-2956- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 A

#1: タンパク質

Alpha-1,3-glucanase

分子量: 61935.047 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain / 変異: D1045A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Paenibacillus glycanilyticus (バクテリア)
遺伝子: agl / 発現宿主:

Brevibacillus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A068PS59

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose / alpha-nigerose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-nigerose

-
非ポリマー , 4種, 886分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 878 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.43 % 解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M (NH4)2SO4, 25% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→46.855 Å / Num. obs: 125008 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.42→1.51 Å / R_merge(I) obs: 1.254 / Num. unique obs: 38213

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6K0M

6k0m

解像度: 1.424→36.756 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.76
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1704	6162	4.93 %
R_work	0.1556	-	-
obs	0.1563	125008	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.11 Å² / B_iso mean: 16.7823 Å² / B_iso min: 4.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.424→36.756 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4279	0	103	878	5260
B_iso mean	-	-	24.09	29.22	-
残基数	-	-	-	-	559

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4236-1.4397	0.2726	203	0.2592	3729	3932	94
1.4397-1.4567	0.265	193	0.2567	3877	4070	98
1.4567-1.4744	0.2435	202	0.2506	3872	4074	98
1.4744-1.4931	0.2674	201	0.238	3881	4082	98
1.4931-1.5127	0.2471	219	0.2421	3861	4080	98
1.5127-1.5335	0.2515	211	0.2223	3890	4101	98
1.5335-1.5554	0.2424	218	0.2102	3870	4088	98
1.5554-1.5786	0.2146	180	0.1967	3937	4117	99
1.5786-1.6033	0.2235	208	0.188	3907	4115	99
1.6033-1.6295	0.2076	217	0.1896	3897	4114	98
1.6295-1.6576	0.2274	210	0.1864	3916	4126	98
1.6576-1.6878	0.2029	162	0.1756	3935	4097	99
1.6878-1.7202	0.1815	206	0.1679	3940	4146	99
1.7202-1.7554	0.1757	202	0.1684	3943	4145	99
1.7554-1.7935	0.1908	203	0.1637	3923	4126	99
1.7935-1.8352	0.1956	210	0.1632	3945	4155	99
1.8352-1.8811	0.1679	214	0.1497	3917	4131	99
1.8811-1.932	0.1652	183	0.146	4006	4189	99
1.932-1.9888	0.1518	186	0.1409	3982	4168	99
1.9888-2.053	0.1386	208	0.1364	3984	4192	99
2.053-2.1264	0.1575	232	0.1399	3950	4182	99
2.1264-2.2115	0.1596	206	0.1366	4001	4207	100
2.2115-2.3122	0.1389	210	0.1371	3996	4206	100
2.3122-2.4341	0.1518	197	0.1461	4036	4233	100
2.4341-2.5865	0.1804	204	0.1461	4025	4229	100
2.5865-2.7862	0.1628	193	0.1533	4053	4246	100
2.7862-3.0664	0.1689	252	0.1505	4033	4285	100
3.0664-3.5098	0.1383	207	0.1367	4082	4289	100
3.5098-4.4208	0.1333	211	0.1213	4144	4355	100
4.4208-36.7681	0.176	214	0.1627	4314	4528	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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