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万見
- PDB-6jyn: GII.13/21 noroviruses recognize glycans with a terminal beta-gala... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jyn
タイトルGII.13/21 noroviruses recognize glycans with a terminal beta-galactose via an unconventional glycan binding site
要素human norovirus P domain protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Human noroviruses
機能・相同性
機能・相同性情報


Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
human norovirus P domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human norovirus - Alphatron (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.599 Å
データ登録者Duan, Z. / Xin, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)(no.2018ZA10711-001 and no.2017ZX10104001 中国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2019
タイトル: GII.13/21 Noroviruses Recognize Glycans with a Terminal beta-Galactose via an Unconventional Glycan Binding Site.
著者: Cong, X. / Sun, X.M. / Qi, J.X. / Li, H.B. / Chai, W.G. / Zhang, Q. / Wang, H. / Kong, X.Y. / Song, J. / Pang, L.L. / Jin, M. / Li, D.D. / Tan, M. / Duan, Z.J.
履歴
登録2019年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: human norovirus P domain protein
B: human norovirus P domain protein
C: human norovirus P domain protein
D: human norovirus P domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9728
ポリマ－135,4394
非ポリマー1,5334
水28,1031560
1
A: human norovirus P domain protein
B: human norovirus P domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4864
ポリマ－67,7192
非ポリマー7672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA
2
C: human norovirus P domain protein
D: human norovirus P domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4864
ポリマ－67,7192
非ポリマー7672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area23700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.936, 122.935, 83.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
human norovirus P domain protein


分子量: 33859.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human norovirus - Alphatron (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: A0A509GV45*PLUS
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium citrate tribasic dehydrate, 20 percent polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97774 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.47
反射解像度: 1.599→50 Å / Num. obs: 184076 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 18.333
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Num. unique obs: 184076 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.599→49.455 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 95.38 / 位相誤差: 22.6 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2007 8591 5.02 %
Rwork0.1808 162530 -
obs0.1864 171051 92.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.42 Å2 / Biso mean: 16.1865 Å2 / Biso min: 6.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.599→49.455 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9568 0 104 1560 11232
Biso mean--33.91 23.71 -
残基数----1232
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5998-1.62740.29212770.25375981625865
1.6274-1.6570.27052990.24496389668869
1.657-1.68880.24413750.2456657703273
1.6888-1.72330.24153470.23787006735376
1.7233-1.76080.25454260.23037255768179
1.7608-1.80170.24024070.22537485789281
1.8017-1.84680.24994550.21447960841586
1.8468-1.89670.21954540.21438455890992
1.8967-1.95250.23294570.20628749920695
1.9525-2.01550.20554100.20378777918795
2.0155-2.08750.20434480.19798788923695
2.0875-2.1710.21274460.19698730917694
2.171-2.26980.20264700.19348740921095
2.2698-2.38940.21184470.19078786923395
2.3894-2.53890.22634590.1878770922995
2.5389-2.73480.20934340.18778827926195
2.7348-3.00960.19624820.18338734921694
3.0096-3.44430.18514560.16558790924695
3.4443-4.33630.16724400.14788814925495
4.3363-26.18230.18424730.15068837931094
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41540.0222-0.05540.5247-0.23390.42250.01850.0631-0.0046-0.0070.00050.0272-0.0239-0.0097-0.02170.06880.0057-0.00480.093-0.00320.0626-53.1842-18.52864.5467
20.5237-0.1137-0.05880.53850.25880.53190.0141-0.02720.01380.00040.0165-0.0341-0.01090.0468-0.03440.0633-0.0072-0.00240.09610.00470.0547-38.1955-18.455623.9124
30.33920.05270.07760.48610.20440.58690.00670.0827-0.0075-0.01120.0213-0.03550.00120.0799-0.02730.05920.00420.00460.1294-0.00250.0627-73.1853-11.768446.1755
40.3858-0.05680.10080.531-0.28850.61440.0139-0.0210.0006-0.00080.01490.0367-0.0022-0.0596-0.02610.0583-0.00140.00460.10350.00060.0662-88.224-12.02365.5852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA3 - 602
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB3 - 602
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC3 - 602
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD3 - 602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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