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- PDB-6jyk: Crystal Structure of C. crescentus free GapR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jyk
タイトルCrystal Structure of C. crescentus free GapR
要素UPF0335 protein CCNA_03428
キーワードDNA BINDING PROTEIN / C. crescentus / free / NAPs
機能・相同性GapR-like / GapR-like, DNA-binding domain / GapR-like, DNA-binding domain / DNA binding / UPF0335 protein CCNA_03428
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Xia, B. / Huang, Q.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: GapR binds DNA through dynamic opening of its tetrameric interface.
著者: Huang, Q. / Duan, B. / Dong, X. / Fan, S. / Xia, B.
履歴
登録2019年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0335 protein CCNA_03428


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1961
ポリマ－11,1961
非ポリマー00
水1,47782
1
A: UPF0335 protein CCNA_03428

A: UPF0335 protein CCNA_03428


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3922
ポリマ－22,3922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area2710 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.007, 55.007, 110.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-111-

HOH

21A-124-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UPF0335 protein CCNA_03428 / GapR (growth-associated A/T-binding protein involved in regulation)


分子量: 11195.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain NA1000 / CB15N) (バクテリア)
株: NA1000 / CB15N / 遺伝子: CCNA_03428 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8H4R9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.01M Manganese (II) chloride tetrahydrate, 0.1M Sodium citrate (PH 5.6), 2.5M 1,6-Hexanediol and 0.3% v/v Dimethyl sulfoxide
PH範囲: 5.6-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.8 Å / Num. obs: 13439 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 37.7
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 1291

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6K2J

6k2j


解像度: 2→43.776 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2118 1347 10.02 %
Rwork0.2031 --
obs0.204 13439 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数615 0 0 82 697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009617
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.891822
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.029249
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003106
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.07160.29831280.2631176X-RAY DIFFRACTION98
2.0716-2.15450.26641300.21471210X-RAY DIFFRACTION100
2.1545-2.25260.2061270.2261166X-RAY DIFFRACTION95
2.2526-2.37130.20561360.19871190X-RAY DIFFRACTION99
2.3713-2.51990.23871320.19941231X-RAY DIFFRACTION100
2.5199-2.71440.24141340.19981198X-RAY DIFFRACTION99
2.7144-2.98750.20841410.20561214X-RAY DIFFRACTION99
2.9875-3.41970.21761330.20241209X-RAY DIFFRACTION97
3.4197-4.30790.19741420.18961206X-RAY DIFFRACTION96
4.3079-43.78670.19671440.20461292X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.4973 Å / Origin y: 4.6437 Å / Origin z: -15.1884 Å
111213212223313233
T0.1667 Å2-0.019 Å20.0017 Å2-0.2474 Å2-0.0269 Å2--0.2784 Å2
L0.6047 °2-0.2029 °20.0288 °2-1.0604 °2-0.5549 °2--1.7185 °2
S0.0964 Å °-0.0152 Å °0.0823 Å °0.0536 Å °0.016 Å °-0.0403 Å °-0.0677 Å °0.031 Å °-0.0935 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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