[日本語] English
万見
- PDB-6jyg: Crystal Structure of L-threonine dehydrogenase from Phytophthora ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jyg
タイトルCrystal Structure of L-threonine dehydrogenase from Phytophthora infestans
要素L-threonine 3-dehydrogenase, putative
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-threonine dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / L-threonine 3-dehydrogenase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Phytophthora infestans (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Yoneda, K. / Sakuraba, H. / Ohshima, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science16K18689 日本
引用ジャーナル: Enzyme.Microb.Technol. / 年: 2020
タイトル: Catalytic properties and crystal structure of UDP-galactose 4-epimerase-like l-threonine 3-dehydrogenase from Phytophthora infestans.
著者: Yoneda, K. / Nagano, R. / Mikami, T. / Sakuraba, H. / Fukui, K. / Araki, T. / Ohshima, T.
履歴
登録2019年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: L-threonine 3-dehydrogenase, putative
B: L-threonine 3-dehydrogenase, putative
C: L-threonine 3-dehydrogenase, putative
D: L-threonine 3-dehydrogenase, putative
E: L-threonine 3-dehydrogenase, putative
F: L-threonine 3-dehydrogenase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,87221
ポリマ－229,8276
非ポリマー6,04515
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.207, 98.865, 152.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
L-threonine 3-dehydrogenase, putative


分子量: 38304.457 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phytophthora infestans (strain T30-4) (真核生物)
株: T30-4 / 遺伝子: PITG_05140 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: D0N3N0
#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 40 % PEG600 0.1 M Citrate buffer (pH 5.8)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→50 Å / Num. obs: 107201 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.31→2.34 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Num. unique obs: 5137

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A1N

3a1n


解像度: 2.31→49.28 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 5028 5 %
Rwork0.238 --
obs-99447 93.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 40.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→49.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14380 0 405 328 15113
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.45 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 --
Rwork0.338 --
obs-16041 95.5 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る