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- PDB-6jy3: Monomeric Form of Bovine Heart Cytochrome c Oxidase in the Fully ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jy3
タイトルMonomeric Form of Bovine Heart Cytochrome c Oxidase in the Fully Oxidized State
要素(Cytochrome c oxidase subunit ...) x 13
キーワードOXIDOREDUCTASE / Monomer / Fully Oxidized
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation ...Complex IV assembly / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Mitochondrial protein degradation / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / aerobic respiration / central nervous system development / respiratory electron transport chain / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome C Oxidase; Chain G ...Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome C Oxidase; Chain G / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome C Oxidase; Chain M / Cytochrome C Oxidase; Chain L / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Few Secondary Structures / Irregular / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / Chem-CQX / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Cytochrome c oxidase subunit 1 ...CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / Chem-CQX / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Shinzawa-Itoh, K. / Muramoto, K.
資金援助 日本, 6件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceKAKENHI Grant 117048028 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceKAKENHI Grant 22570122 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceKAKENHI Grant 17H03646 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceKAKENHI Grant 22370060 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceKAKENHI Grant 15K07029 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceKAKENHI Grant 18K06162 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Monomeric structure of an active form of bovine cytochromecoxidase.
著者: Shinzawa-Itoh, K. / Sugimura, T. / Misaki, T. / Tadehara, Y. / Yamamoto, S. / Hanada, M. / Yano, N. / Nakagawa, T. / Uene, S. / Yamada, T. / Aoyama, H. / Yamashita, E. / Tsukihara, T. / ...著者: Shinzawa-Itoh, K. / Sugimura, T. / Misaki, T. / Tadehara, Y. / Yamamoto, S. / Hanada, M. / Yano, N. / Nakagawa, T. / Uene, S. / Yamada, T. / Aoyama, H. / Yamashita, E. / Tsukihara, T. / Yoshikawa, S. / Muramoto, K.
履歴
登録2019年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,03237
ポリマ－204,98613
非ポリマー12,04724
水11,926662
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.529, 152.131, 174.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 13分子 ABCDEFGHIJKLM

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26068.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29957.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV


分子量: 17179.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12453.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9549.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII


分子量: 10039.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / Cytochrome c oxidase subunit STA


分子量: 8494.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1 / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC


分子量: 6682.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7B / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb


分子量: 6365.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA


分子量: 5449.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8B / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart


分子量: 4967.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175

-
非ポリマー , 13種, 686分子

#14: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#18: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#20: 化合物 ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物
ChemComp-CQX / (2S,3S,4S,5S,6R)-2-(2-decoxyethoxy)-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol / 3-Oxatridecyl-alpha-D-mannopyranoside


分子量: 364.474 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#23: 化合物 ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物 ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#25: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#26: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / 詳細: sodium phosphate, PEG 4000, DM

-
データ収集

回折平均測定温度: 50 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→200 Å / Num. obs: 361138 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.4 % / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 29.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.82 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 12029 / CC1/2: 0.765 / Rpim(I) all: 0.459

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B1A

5b1a


解像度: 1.85→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.565 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19162 16494 5 %RANDOM
Rwork0.15125 ---
obs0.15326 316483 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å2-0 Å2
2--3.49 Å2-0 Å2
3----4.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13851 0 729 662 15242
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02315060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.039220367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0023.00733103
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X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.29222.95600
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X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8061562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.22190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02116106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023523
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X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.6653.7376903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.6553.7376902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.2335.6058606
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.664.348157
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X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.1516.30911762
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X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.906329419
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free48.5035170
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded25.134529434
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 1141 -
Rwork0.223 23405 -
obs--99.68 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.8831 Å / Origin y: 60.8675 Å / Origin z: 5.4681 Å
111213212223313233
T0 Å20.0005 Å20.0004 Å2-0.0169 Å2-0.0013 Å2--0.059 Å2
L0.0313 °20.0003 °20.0016 °2-0 °20.0001 °2--0.0253 °2
S-0.0003 Å °-0.0041 Å °0.0078 Å °-0 Å °-0 Å °-0.0003 Å °0.0003 Å °-0.0019 Å °0.0003 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 514
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 607
3X-RAY DIFFRACTION1B301
4X-RAY DIFFRACTION1C301
5X-RAY DIFFRACTION1B1 - 227
6X-RAY DIFFRACTION1B302 - 304
7X-RAY DIFFRACTION1C4 - 257
8X-RAY DIFFRACTION1A608
9X-RAY DIFFRACTION1C302 - 307
10X-RAY DIFFRACTION1G101
11X-RAY DIFFRACTION1D11 - 146
12X-RAY DIFFRACTION1E7 - 108
13X-RAY DIFFRACTION1F3 - 93
14X-RAY DIFFRACTION1F101
15X-RAY DIFFRACTION1G12 - 83
16X-RAY DIFFRACTION1H11 - 85
17X-RAY DIFFRACTION1I3 - 72
18X-RAY DIFFRACTION1J1 - 55
19X-RAY DIFFRACTION1K6 - 54
20X-RAY DIFFRACTION1A609
21X-RAY DIFFRACTION1L3 - 46
22X-RAY DIFFRACTION1A610
23X-RAY DIFFRACTION1M1 - 40
24X-RAY DIFFRACTION1A611
25X-RAY DIFFRACTION1A702 - 903
26X-RAY DIFFRACTION1B402 - 524
27X-RAY DIFFRACTION1C401 - 477
28X-RAY DIFFRACTION1D201 - 241
29X-RAY DIFFRACTION1E203 - 231
30X-RAY DIFFRACTION1F201 - 243
31X-RAY DIFFRACTION1G202 - 236
32X-RAY DIFFRACTION1H101 - 140
33X-RAY DIFFRACTION1I102 - 116
34X-RAY DIFFRACTION1J101 - 107
35X-RAY DIFFRACTION1K101 - 111
36X-RAY DIFFRACTION1L102 - 113
37X-RAY DIFFRACTION1M102 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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