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- PDB-6jx2: Crystal structure of Ketol-acid reductoisomerase from Corynebacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jx2
タイトルCrystal structure of Ketol-acid reductoisomerase from Corynebacterium glutamicum
要素Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ketol-acid reductoisomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydropantoate 2-reductase activity / ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADP binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
ProC C-terminal domain-like fold / ProC C-terminal domain-like fold - #10 / Ketol-acid reductoisomerase, prokaryotic / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. ...ProC C-terminal domain-like fold / ProC C-terminal domain-like fold - #10 / Ketol-acid reductoisomerase, prokaryotic / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Helix non-globular / Special / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lee, D. / Hong, J. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure and Biochemical Characterization of Ketol-Acid Reductoisomerase fromCorynebacterium glutamicum.
著者: Lee, D. / Hong, J. / Kim, K.J.
履歴
登録2019年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年9月9日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
C: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
D: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,94325
ポリマ－148,0864
非ポリマー2,85721
水1,76598
1
A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,31617
ポリマ－74,0432
非ポリマー1,27215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13290 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PISA
2
C: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
D: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6278
ポリマ－74,0432
非ポリマー1,5846
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13070 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.949, 90.179, 157.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))


分子量: 37021.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / 遺伝子: ilvC, Cgl1273, cg1437 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): T1R(DE3)
参照: UniProt: Q57179, ketol-acid reductoisomerase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M Magnesium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月6日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→78.91 Å / Num. obs: 37218 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 37218

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YPO

4ypo


解像度: 2.6→78.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 14.245 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.378
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2666 1865 5 %RANDOM
Rwork0.1794 ---
obs0.1836 35327 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.24 Å2 / Biso mean: 54.779 Å2 / Biso min: 24.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.91 Å2-0 Å20 Å2
2--5.64 Å2-0 Å2
3----1.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→78.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9754 0 143 98 9995
Biso mean--81.59 46.01 -
残基数----1298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01910044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.98313632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.003321941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41451293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92125.442441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.611151640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6241544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022129
LS精密化 シェル解像度: 2.601→2.669 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 122 -
Rwork0.214 2492 -
all-2614 -
obs--94.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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