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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jwb | |||||||||
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タイトル | Crystal Structures of Endo-beta-1,4-xylanase II Complexed with Xylotriose | |||||||||
![]() | Endo-1,4-beta-xylanase 2 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Li, C. / Wan, Q. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Studying the Role of a Single Mutation of a Family 11 Glycoside Hydrolase Using High-Resolution X-ray Crystallography. 著者: Li, Z. / Zhang, X. / Li, C. / Kovalevsky, A. / Wan, Q. #1: ![]() タイトル: Direct determination of protonation states and visualization of hydrogen bonding in a glycoside hydrolase with neutron crystallography. 著者: Wan, Q. #2: ![]() 年: 2014 タイトル: X-ray crystallographic studies of family 11 xylanase Michaelis and product complexes: implications for the catalytic mechanism 著者: Jerry, M.P. / Wan, Q. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 759.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 761.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6jugC ![]() 6k9oC ![]() 6k9rC ![]() 6k9wC ![]() 6kw9C ![]() 6kwcC ![]() 6kwdC ![]() 6kwfC ![]() 6kwgC ![]() 2dfcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20727.338 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 多糖 | beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylotriose | ||
#3: 化合物 | ChemComp-MES / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-IOD / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 / 詳細: 20%PEG 8000, 0.2M NaI,0.1M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→19.917 Å / Num. obs: 72399 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 11.51 Å2 / Net I/σ(I): 18.41 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.191 Å / Num. unique obs: 7143 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2DFC 解像度: 1.15→19.917 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 14.69
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.62 Å2 / Biso mean: 17.3456 Å2 / Biso min: 7.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.15→19.917 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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