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- PDB-6jw9: Crystal structure of E-64 inhibited falcipain 2 from Plasmodium f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jw9
タイトルCrystal structure of E-64 inhibited falcipain 2 from Plasmodium falciparum, strain 3D7
要素Cysteine protease falcipain-2
キーワードHYDROLASE / Cysteine protease / haemoglobinase / drug-target / Plasmodium falciparum
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II antigen presentation / food vacuole / Neutrophil degranulation / proteolysis involved in protein catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E64 / Falcipain-2a
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Chakraborty, S. / Alam, B. / Biswas, S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: New insights of falcipain 2 structure from Plasmodium falciparum 3D7 strain.
著者: Chakraborty, S. / Alam, B. / Biswas, S.
履歴
登録2019年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine protease falcipain-2
B: Cysteine protease falcipain-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7723
ポリマ－54,4112
非ポリマー3601
水55831
1
A: Cysteine protease falcipain-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5662
ポリマ－27,2061
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cysteine protease falcipain-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2061
ポリマ－27,2061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.269, 115.269, 242.005
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 8 or resid 13...
21(chain B and (resid 1 through 8 or resid 13...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNILEILE(chain A and (resid 1 through 8 or resid 13...AA1 - 81 - 8
12GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 1 through 8 or resid 13...AA1313
13PHEPHELEULEU(chain A and (resid 1 through 8 or resid 13...AA17 - 13617 - 136
14GLUGLUSERSER(chain A and (resid 1 through 8 or resid 13...AA138 - 153138 - 153
15ASPASPGLYGLY(chain A and (resid 1 through 8 or resid 13...AA155 - 166155 - 166
16CYSCYSGLUGLU(chain A and (resid 1 through 8 or resid 13...AA168 - 241168 - 241
21GLNGLNILEILE(chain B and (resid 1 through 8 or resid 13...BB1 - 81 - 8
22GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 1 through 8 or resid 13...BB1313
23PHEPHELEULEU(chain B and (resid 1 through 8 or resid 13...BB17 - 13617 - 136
24GLUGLUSERSER(chain B and (resid 1 through 8 or resid 13...BB138 - 153138 - 153
25ASPASPGLYGLY(chain B and (resid 1 through 8 or resid 13...BB155 - 166155 - 166
26CYSCYSGLUGLU(chain B and (resid 1 through 8 or resid 13...BB168 - 241168 - 241

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要素

#1: タンパク質 Cysteine protease falcipain-2 / Cysteine proteinase falcipain 2a


分子量: 27205.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: Q8I6U4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE


分子量: 360.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30N5O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Citrate, 25% Ethylene Glycol, 5 mM MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→48.58 Å / Num. obs: 21387 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 108.11 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.214 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 193056 / Scaling rejects: 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.5-3.788.71.79442990.6890.6281.903100
9.26-48.588.40.026130410.0090.02799.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BPF

3bpf


解像度: 3.5→48.58 Å / SU ML: 0.65 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3278 1023 4.81 %
Rwork0.294 --
obs0.2957 21288 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 472.36 Å2 / Biso mean: 121.7684 Å2 / Biso min: 44.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3778 0 25 31 3834
Biso mean--119.49 130.94 -
残基数----482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0235261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0212308
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2552X-RAY DIFFRACTION14.853TORSIONAL
12B2552X-RAY DIFFRACTION14.853TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5001-3.68450.44131320.398328292961100
3.6845-3.91530.40531430.382228292972100
3.9153-4.21740.38341480.340728472995100
4.2174-4.64160.38131470.301228613008100
4.6416-5.31250.37091500.285128743024100
5.3125-6.69040.30621500.302929373087100
6.6904-48.58510.2511530.23743088324199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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