PDB-6jw4: Degenerate RVD RG forms a distinct loop conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jw4

タイトル

Degenerate RVD RG forms a distinct loop conformation

要素

DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')
DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')
TAL effector

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / methylation TAL effector complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

TAL effector repeat / TAL effector repeat / DNA / DNA (> 10) / Hax3

機能・相同性情報

生物種

Xanthomonas campestris pv. armoraciae (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.09 Å

データ登録者

Liu, L. / Yi, C.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Specific Recognition of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine by TAL Effectors.
著者: Liu, L. / Zhang, Y. / Liu, M. / Wei, W. / Yi, C. / Peng, J.

履歴

登録	2019年4月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jw4.cif.gz	865 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jw4.ent.gz	719.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jw4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jw4_validation.pdf.gz	527.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jw4_full_validation.pdf.gz	562.9 KB	表示
XML形式データ	6jw4_validation.xml.gz	69.9 KB	表示
CIF形式データ	6jw4_validation.cif.gz	95.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/6jw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/6jw4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jvzC 6jw0C 6jw1C 6jw2C 6jw3C 6jw5C 4gjpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jw5-2 6jw3-1 6jw3-4 4ot3-2 4osw-2 6jtq-1 4osq-2 4ot3-1 4ot0-2 4osk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (3) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #119 - 2009年11月人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (3)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#8 - 2000年8月
制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TAL effector

I: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

J: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

B: TAL effector

C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

E: TAL effector

F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

G: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

H: TAL effector

K: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

L: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

249 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TAL effector

I: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

J: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
62.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TAL effector

C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: TAL effector

F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

G: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

H: TAL effector

K: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

L: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.050, 93.971, 167.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.820, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	LEU	LEU	A	A	230 - 721	1 - 492
2	1	MET	MET	LEU	LEU	B	D	230 - 721	1 - 492
1	2	MET	MET	LEU	LEU	A	A	230 - 721	1 - 492
2	2	MET	MET	LEU	LEU	E	G	230 - 721	1 - 492
1	3	MET	MET	LEU	LEU	A	A	230 - 721	1 - 492
2	3	MET	MET	LEU	LEU	H	J	230 - 721	1 - 492
1	4	DT	DT	DT	DT	I	B	-2 - 14	1 - 17
2	4	DT	DT	DT	DT	C	E	-2 - 14	1 - 17
1	5	DT	DT	DT	DT	I	B	-2 - 14	1 - 17
2	5	DT	DT	DT	DT	F	H	-2 - 14	1 - 17
1	6	DT	DT	DT	DT	I	B	-2 - 14	1 - 17
2	6	DT	DT	DT	DT	K	K	-2 - 14	1 - 17
1	7	DA	DA	DA	DA	J	C	-14 - 2	1 - 17
2	7	DA	DA	DA	DA	D	F	-14 - 2	1 - 17
1	8	DA	DA	DA	DA	J	C	-14 - 2	1 - 17
2	8	DA	DA	DA	DA	G	I	-14 - 2	1 - 17
1	9	DA	DA	DA	DA	J	C	-14 - 2	1 - 17
2	9	DA	DA	DA	DA	L	L	-14 - 2	1 - 17
1	10	MET	MET	LEU	LEU	B	D	230 - 721	1 - 492
2	10	MET	MET	LEU	LEU	E	G	230 - 721	1 - 492
1	11	MET	MET	LEU	LEU	B	D	230 - 721	1 - 492
2	11	MET	MET	LEU	LEU	H	J	230 - 721	1 - 492
1	12	DT	DT	DT	DT	C	E	-2 - 14	1 - 17
2	12	DT	DT	DT	DT	F	H	-2 - 14	1 - 17
1	13	DT	DT	DT	DT	C	E	-2 - 14	1 - 17
2	13	DT	DT	DT	DT	K	K	-2 - 14	1 - 17
1	14	DA	DA	DA	DA	D	F	-14 - 2	1 - 17
2	14	DA	DA	DA	DA	G	I	-14 - 2	1 - 17
1	15	DA	DA	DA	DA	D	F	-14 - 2	1 - 17
2	15	DA	DA	DA	DA	L	L	-14 - 2	1 - 17
1	16	MET	MET	LEU	LEU	E	G	230 - 721	1 - 492
2	16	MET	MET	LEU	LEU	H	J	230 - 721	1 - 492
1	17	DT	DT	DT	DT	F	H	-2 - 14	1 - 17
2	17	DT	DT	DT	DT	K	K	-2 - 14	1 - 17
1	18	DA	DA	DA	DA	G	I	-14 - 2	1 - 17
2	18	DA	DA	DA	DA	L	L	-14 - 2	1 - 17

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	TAL effector 分子量: 51881.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. armoraciae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ZD72*PLUS
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(TPGPTPCPCPCPTPTP(5HC)PGPCPGPTPCPTPCPT)-3') 分子量: 5126.308 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(APGPAPGPAPCPGPCPGPAPAPGPGPGPAPCPA)-3') 分子量: 5319.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 8-10% PEG3350 (w/v), 10% ethanol and 0.1M MES pH 6.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.09→163.51 Å / Num. obs: 43409 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.2 % / R_rim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 2.05
反射シェル	解像度: 3.09→3.21 Å / Num. unique obs: 43409 / R_rim(I) all: 0.107

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GJP

4gjp

解像度: 3.09→163.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / SU B: 42 / SU ML: 0.454 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.567
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2747	2320	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2434	-	-	-
obs	0.2449	43409	86.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 227.11 Å² / B_iso mean: 70 Å² / B_iso min: 27.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.26 Å²	0 Å²	3.86 Å²
2-	-	-2.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.09→163.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14268	2768	0	0	17036
残基数	-	-	-	-	2104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.018	17572
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	16272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.831	24532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.115	3	37392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.224	5	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.606	25.821	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.438	15	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.371	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	2860
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	18432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3680

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	30828	0.05
1	2	B	30828	0.05
2	1	A	30791	0.04
2	2	E	30791	0.04
3	1	A	30661	0.05
3	2	H	30661	0.05
4	1	I	1413	0.07
4	2	C	1413	0.07
5	1	I	1399	0.06
5	2	F	1399	0.06
6	1	I	1354	0.12
6	2	K	1354	0.12
7	1	J	1298	0.02
7	2	D	1298	0.02
8	1	J	1282	0.04
8	2	G	1282	0.04
9	1	J	1298	0.03
9	2	L	1298	0.03
10	1	B	30702	0.05
10	2	E	30702	0.05
11	1	B	30580	0.06
11	2	H	30580	0.06
12	1	C	1404	0.07
12	2	F	1404	0.07
13	1	C	1349	0.12
13	2	K	1349	0.12
14	1	D	1278	0.05
14	2	G	1278	0.05
15	1	D	1292	0.03
15	2	L	1292	0.03
16	1	E	30652	0.06
16	2	H	30652	0.06
17	1	F	1353	0.11
17	2	K	1353	0.11
18	1	G	1277	0.05
18	2	L	1277	0.05

LS精密化シェル

解像度: 3.09→3.169 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.448	68	-
R_work	0.368	1330	-
obs	-	-	36.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0009	0.4824	0.3222	3.648	0.6454	4.0149	-0.219	0.0935	0.0835	-0.2349	0.2722	0.0006	-0.0863	-0.1744	-0.0532	0.1417	-0.0161	-0.1558	0.3878	0.0413	0.2119	-1.014	0.3649	22.8157
2	2.7951	-0.9773	-1.4454	3.6702	-2.5983	3.7123	-0.0087	-0.3857	0.1171	-0.309	0.0657	0.0078	0.2315	0.4796	-0.057	0.2364	-0.18	-0.1052	0.5307	-0.0933	0.1585	0.9162	-3.5405	17.6093
3	3.894	0.1484	2.1486	3.399	1.6868	6.5302	0.2682	0.0761	0.1016	-0.6496	0.0898	-0.6178	-0.6357	-0.0984	-0.3579	0.451	-0.1626	-0.01	0.3664	-0.02	0.2579	2.7528	-2.7874	16.3981
4	1.5695	0.6763	-0.5557	3.1536	-1.2565	2.609	0.0374	-0.1001	-0.0984	0.5879	-0.1277	-0.1358	-0.4333	0.467	0.0904	0.373	-0.0569	-0.2256	0.3866	-0.0054	0.2447	-20.9289	47.0758	60.6992
5	4.1985	1.7394	-2.6553	4.2672	1.138	3.1149	0.3888	0.0556	-0.1588	0.5143	-0.3721	-0.2376	-0.1589	-0.2506	-0.0167	0.539	-0.1045	-0.1702	0.2212	0.1152	0.1479	-23.0595	43.1468	65.6305
6	3.8681	-0.4035	0.2064	3.9792	-1.2471	5.2344	0.0514	-0.147	0.1023	0.8459	0.0167	0.4142	-1.1469	0.0715	-0.0681	0.6456	0.0132	-0.0659	0.2329	0.0583	0.2711	-25.1863	43.8494	66.6826
7	3.3871	-1.7245	-1.5317	2.5722	0.8501	2.9476	0.3771	0.4081	-0.1872	-0.6427	-0.6526	-0.1445	-0.0035	0.0099	0.2755	0.5668	0.1345	-0.1671	0.5364	-0.0537	0.43	29.9651	-7.4016	60.9532
8	1.4969	-2.8839	-1.5377	8.001	-0.2515	5.8573	0.3811	-0.0402	-0.1122	-0.9778	-0.4042	0.2129	-0.1026	0.608	0.0231	0.4866	0.199	-0.0779	0.5164	-0.1911	0.3919	35.7377	-10.2299	58.3306
9	7.5519	-1.0489	-1.5242	4.8089	1.2704	5.2957	-0.4729	0.3738	-0.4657	-0.6232	0.1244	-0.2723	-0.0024	0.0575	0.3485	0.687	0.2048	-0.0405	0.3771	0.144	0.4369	35.4151	-12.5595	57.795
10	3.2924	0.7166	0.2688	1.9239	-0.326	3.6012	0.0629	0.1214	-0.0024	0.0112	-0.2558	0.0711	0.4325	0.0153	0.1929	0.3557	0.0794	-0.1621	0.4243	-0.0359	0.3157	46.254	40.2013	19.2269
11	0.4954	0.3522	-1.6896	6.3731	-0.6027	6.0676	-0.0852	0.1388	-0.0552	-0.2404	-0.059	0.5084	0.6354	-0.4846	0.1441	0.3139	-0.0904	-0.1414	0.4119	-0.0349	0.2021	40.1084	37.1551	21.1022
12	9.4354	-0.1938	2.2635	4.0013	-0.1017	2.9391	-0.4399	-0.2996	-0.4119	0.3844	0.176	0.2108	0.5094	-0.1666	0.2638	0.4552	-0.1086	-0.0787	0.5178	-0.0535	0.3799	40.3482	35.0274	21.5987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	230 - 721
2	X-RAY DIFFRACTION	2	I	-2 - 14
3	X-RAY DIFFRACTION	3	J	-14 - 2
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	230 - 721
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	-2 - 14
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	-14 - 2
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	230 - 721
8	X-RAY DIFFRACTION	8	F	-2 - 14
9	X-RAY DIFFRACTION	9	G	-14 - 2
10	X-RAY DIFFRACTION	10	H	230 - 721
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	-2 - 14
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	-14 - 2

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)