PDB-6jw2: Universal RVD R* accommodates 5hmC via water-mediated interactions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jw2

タイトル

Universal RVD R* accommodates 5hmC via water-mediated interactions

要素

DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')
DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')
TAL effector

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / methylation TAL effector complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

: / TAL effector repeat / TAL effector repeat / DNA / DNA (> 10) / Hax3

機能・相同性情報

生物種

Xanthomonas campestris pv. armoraciae (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.03 Å

データ登録者

Liu, L. / Yi, C.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Specific Recognition of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine by TAL Effectors.
著者: Liu, L. / Zhang, Y. / Liu, M. / Wei, W. / Yi, C. / Peng, J.

履歴

登録	2019年4月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	6jw2_full_validation.pdf.gz	554.4 KB	表示
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CIF形式データ	6jw2_validation.cif.gz	97 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/6jw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/6jw2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jvzC 6jw0C 6jw1C 6jw3C 6jw4C 6jw5C 4gjpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jw3-2 6jw5-1 6jw3-4 6jw5-2 6jw5-3 6jw4-2 4osm-2 6jw3-1 6jw4-3 6jw4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
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パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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類似性 (1)
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DNA (DNA)
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TAL effector

I: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

J: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

B: TAL effector

C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

E: TAL effector

F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

G: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

H: TAL effector

K: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

L: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

249 kDa, 12 ポリマー
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1

A: TAL effector

I: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

J: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
62.3 kDa, 3 ポリマー
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2

B: TAL effector

C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 3 ポリマー
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3

E: TAL effector

F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

G: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 3 ポリマー
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4

H: TAL effector

K: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')

L: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.517, 93.776, 167.749
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.660, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	HIS	HIS	A	A	230 - 722	1 - 493
2	1	MET	MET	HIS	HIS	B	D	230 - 722	1 - 493
1	2	MET	MET	HIS	HIS	A	A	230 - 722	1 - 493
2	2	MET	MET	HIS	HIS	E	G	230 - 722	1 - 493
1	3	MET	MET	HIS	HIS	A	A	230 - 722	1 - 493
2	3	MET	MET	HIS	HIS	H	J	230 - 722	1 - 493
1	4	DT	DT	DT	DT	I	B	-2 - 14	1 - 17
2	4	DT	DT	DT	DT	C	E	-2 - 14	1 - 17
1	5	DT	DT	DT	DT	I	B	-2 - 14	1 - 17
2	5	DT	DT	DT	DT	F	H	-2 - 14	1 - 17
1	6	DT	DT	DT	DT	I	B	-2 - 14	1 - 17
2	6	DT	DT	DT	DT	K	K	-2 - 14	1 - 17
1	7	DA	DA	DA	DA	J	C	-14 - 2	1 - 17
2	7	DA	DA	DA	DA	D	F	-14 - 2	1 - 17
1	8	DA	DA	DA	DA	J	C	-14 - 2	1 - 17
2	8	DA	DA	DA	DA	G	I	-14 - 2	1 - 17
1	9	DA	DA	DA	DA	J	C	-14 - 2	1 - 17
2	9	DA	DA	DA	DA	L	L	-14 - 2	1 - 17
1	10	MET	MET	HIS	HIS	B	D	230 - 722	1 - 493
2	10	MET	MET	HIS	HIS	E	G	230 - 722	1 - 493
1	11	MET	MET	HIS	HIS	B	D	230 - 722	1 - 493
2	11	MET	MET	HIS	HIS	H	J	230 - 722	1 - 493
1	12	DT	DT	DT	DT	C	E	-2 - 14	1 - 17
2	12	DT	DT	DT	DT	F	H	-2 - 14	1 - 17
1	13	DT	DT	DT	DT	C	E	-2 - 14	1 - 17
2	13	DT	DT	DT	DT	K	K	-2 - 14	1 - 17
1	14	DA	DA	DA	DA	D	F	-14 - 2	1 - 17
2	14	DA	DA	DA	DA	G	I	-14 - 2	1 - 17
1	15	DA	DA	DA	DA	D	F	-14 - 2	1 - 17
2	15	DA	DA	DA	DA	L	L	-14 - 2	1 - 17
1	16	MET	MET	HIS	HIS	E	G	230 - 722	1 - 493
2	16	MET	MET	HIS	HIS	H	J	230 - 722	1 - 493
1	17	DT	DT	DT	DT	F	H	-2 - 14	1 - 17
2	17	DT	DT	DT	DT	K	K	-2 - 14	1 - 17
1	18	DA	DA	DA	DA	G	I	-14 - 2	1 - 17
2	18	DA	DA	DA	DA	L	L	-14 - 2	1 - 17

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	TAL effector 分子量: 51824.621 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. armoraciae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ZD72*PLUS
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(TPGPTPCPCPCPTPTP(5HC)PGPCPGPTPCPTPCPT)-3') 分子量: 5126.308 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(APGPAPGPAPCPGPCPGPAPAPGPGPGPAPCPA)-3') 分子量: 5319.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.76 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 8-10% PEG3350 (w/v), 10% ethanol and 0.1M MES pH 6.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.03→163.67 Å / Num. obs: 44929 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.5 % / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 2
反射シェル	解像度: 3.03→3.11 Å / R_rim(I) all: 0.118

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GJP

4gjp

解像度: 3.03→163.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.894 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 42 / SU ML: 0.426 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.526
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2614	2416	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2373	-	-	-
obs	0.2385	44929	85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 231.64 Å² / B_iso mean: 68.122 Å² / B_iso min: 8.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.03 Å²	0 Å²	2.27 Å²
2-	-	-2.72 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.03→163.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14328	2768	0	2	17098
B_iso mean	-	-	-	21.21	-
残基数	-	-	-	-	2108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.018	17636
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	16316
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.831	24620
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.2	3	37496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.122	5	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.718	25.809	544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.369	15	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.806	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	18516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3716

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	30002	0.08
1	2	B	30002	0.08
2	1	A	30531	0.07
2	2	E	30531	0.07
3	1	A	30453	0.07
3	2	H	30453	0.07
4	1	I	1389	0.07
4	2	C	1389	0.07
5	1	I	1369	0.09
5	2	F	1369	0.09
6	1	I	1361	0.11
6	2	K	1361	0.11
7	1	J	1250	0.08
7	2	D	1250	0.08
8	1	J	1268	0.08
8	2	G	1268	0.08
9	1	J	1269	0.09
9	2	L	1269	0.09
10	1	B	30025	0.08
10	2	E	30025	0.08
11	1	B	29943	0.09
11	2	H	29943	0.09
12	1	C	1391	0.08
12	2	F	1391	0.08
13	1	C	1383	0.09
13	2	K	1383	0.09
14	1	D	1257	0.08
14	2	G	1257	0.08
15	1	D	1255	0.08
15	2	L	1255	0.08
16	1	E	30492	0.07
16	2	H	30492	0.07
17	1	F	1376	0.1
17	2	K	1376	0.1
18	1	G	1288	0.02
18	2	L	1288	0.02

LS精密化シェル

解像度: 3.034→3.113 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.411	73	-
R_work	0.328	1173	-
all	-	1246	-
obs	-	-	30.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.482	-0.1854	0.0991	2.8831	-0.2316	3.3732	-0.1873	-0.0141	0.1173	0.1485	0.1874	-0.0622	-0.0329	0.2323	-0.0001	0.0735	0.0018	-0.0951	0.361	-0.066	0.1646	29.8007	-0.6708	58.883
2	3.0026	1.4823	-1.0871	2.8332	1.9957	3.4788	-0.1703	0.2175	0.0935	0.1342	0.0523	0.1212	0.3331	-0.314	0.118	0.1005	0.1026	-0.0132	0.3569	-0.0042	0.0441	27.9113	-4.6606	64.2492
3	3.3339	0.8632	1.709	2.9294	-1.9763	6.5853	0.0122	-0.0652	0.1598	0.7159	-0.0113	0.485	-0.6074	0.0149	-0.0009	0.311	0.1408	0.0392	0.2034	-0.0464	0.1999	26.1146	-3.9816	65.5294
4	1.7095	-0.7346	-0.6111	2.7788	1.0573	2.3038	0.0444	0.1152	-0.1135	-0.443	-0.1176	0.1831	-0.3662	-0.4105	0.0732	0.2726	0.041	-0.1273	0.3836	-0.0038	0.1349	49.6861	45.9369	21.1423
5	4.0119	-1.4062	-2.863	3.4446	-0.73	3.0677	0.3589	-0.2575	-0.1011	-0.5758	-0.1982	0.3706	-0.0686	0.3262	-0.1607	0.3608	0.0729	-0.1106	0.1792	-0.0902	0.1338	51.7849	42.0747	16.0322
6	3.7654	-0.4434	0.0736	3.2905	3.047	7.4516	-0.0661	0.2396	0.0789	-0.7575	-0.0805	-0.2047	-0.9105	-0.2024	0.1466	0.4315	-0.03	0.0138	0.1499	-0.0584	0.2155	53.8527	42.6387	14.8648
7	2.9563	-0.4305	0.1491	1.7866	0.3812	3.4835	0.0098	-0.2048	-0.0244	-0.0234	-0.1778	-0.0275	0.3794	0.0146	0.168	0.2622	-0.04	-0.081	0.3716	0.0504	0.1777	76.6331	39.0092	62.4572
8	0.9919	-1.4755	-2.0398	6.6999	-0.2175	6.687	-0.164	-0.1379	-0.0878	0.0013	-0.1116	-0.1546	0.6991	0.4415	0.2755	0.1736	0.0018	-0.0983	0.2798	0.0176	0.182	82.8205	35.9703	60.7475
9	6.3239	0.8074	3.2391	6.4799	0.1416	4.3457	-0.2462	0.324	-0.1173	-0.3743	-0.0012	-0.2943	0.6733	0.4721	0.2474	0.3032	0.1379	0.0447	0.375	0.088	0.2102	82.7552	33.837	60.239
10	2.6112	1.593	-1.3657	2.7324	-0.9552	2.5334	0.3743	-0.2346	0.0273	0.6354	-0.5334	0.2203	-0.0586	-0.0072	0.1591	0.5089	-0.1298	-0.0719	0.4743	0.0005	0.2919	93.307	-8.5758	20.9319
11	1.7932	2.891	-2.3271	7.0956	-0.909	6.3596	0.277	0.0381	0.0208	0.7752	-0.3027	0.0926	0.0676	-0.439	0.0257	0.4292	-0.1268	0.0755	0.3134	0.0292	0.1964	87.5668	-11.534	23.5988
12	7.0934	-0.9327	-0.361	5.6585	-1.0233	5.1317	-0.2235	0.0037	-0.2011	0.6567	0.0543	0.0819	0.0209	-0.1349	0.1692	0.5511	-0.2003	0.0182	0.2354	-0.134	0.2549	87.6881	-13.7626	24.0081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	230 - 722
2	X-RAY DIFFRACTION	2	I	-2 - 14
3	X-RAY DIFFRACTION	3	J	-14 - 2
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	230 - 722
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	-2 - 14
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	-14 - 2
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	230 - 722
8	X-RAY DIFFRACTION	8	F	-2 - 14
9	X-RAY DIFFRACTION	9	G	-14 - 2
10	X-RAY DIFFRACTION	10	H	230 - 722
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	-2 - 14
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	-14 - 2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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